（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/07/30）
- Corresponding author(s): Mariano J. Alvarez (Columbia U./DarwinHealth Inc.) Andrea Califano
(Columbia U./) - 腫瘍形成をもたらす多重な癌タンパク質（oncoproteins）の調節不全を同定することが、患者個々に最適な治療計画を立てるためには必須である。しかし、生体におけるタンパク質異常を正確に予測することは、遺伝的変異からの推定は限定的であり、一方で、タンパク質活性を直接測定することも一般に不可能なために、未だ困難な課題である。
- 研究チームは今回、この課題解決を目指して、データ解析パッケージVIPER (Virtual Inference of Protein activity by Enriched Regulon analysis)を開発した。
- VIPERは、細胞のコンテクストに特異的なインタラクトームをARACNeアルゴリズムで予測し、それに基づいて細胞内での調節モデルを生成することから、遺伝子発現データからのタンパク質の活性の正確な評価を可能とした。
- VIPERを使用して、The Cancer Genome Atlas (TCGA)データベースに収録されている全サンプルにわたり、調節タンパク質における遺伝変異が生物過程に与える影響を評価した。
- 機能的特性が明らかにされてきた変異がもたらすタンパク質活性異常の再現に加えて、変異が起きていないドラッガブルな癌タンパク質も同定した。
- VIPERで推定したタンパク質の活性をin vitro アッセイによって評価し、VIPERが従来のタンパク質活性阻害データに基づく予測法より高精度であることを確認した。
- VIPERパッケージの入手先：Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis
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