（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/07/31）
- Corresponding authors: Ruedi Aebersold (Inst. Molecular Systems Biology, ETH Zurich); Robert L. Moritz (Inst. Systems Biology, Seattle)
- “Human SRMAtlas”は、選択反応モニタリング（selective reaction monitoring: SRM)法によるヒト・タンパク質の検出と定量化を可能とする高品質なデータベース。
- Human SRMAtlasは、UniProtKB/Swiss-Prot登録ヒト・タンパク質20,277種類（ヒト・タンパク質の99.7%に相当）の追跡を可能とする参照用ペプチド（proteotypic peptides: PTPs）を網羅している。
- PTPsは、質量分析によって得られたペプチドを蓄積したPeptideAtlasをデータマイニングすることで選択したモニタリングに最適なペプチド群であり、スプライシングアイソフォーム14,677種類、32,418SNPsおよびN末端がグリコシル化されたタンパク質に対応するペプチドも含む166,174種類に達する。
- PTPsを合成し、トリプル四重極型の質量分析計で解析して、高品質データを蓄積
- Human SRMAtlasを利用することで、任意のヒト・タンパク質およびスプライスバリアント、非同義変異ならびに翻訳後修飾の定量的解析が可能である。
- Human SRMAtlasによる解析例：ヒト肝細胞癌由来細胞株HuH-7とHepG2におけるリポ蛋白欠乏血清（lipoprotein-deficient serum: LPDS）とアトルバスタチンに応答するタンパク質；前立腺癌由来細胞３種類（LNCaP, DU145ならびにPC3）のドセタキセルに応答するタンパク質
- SRMAtlas Webサイト：http://www.srmatlas.org/
- Human SRMAtlasは、UniProtKB/Swiss-Prot登録ヒト・タンパク質20,277種類（ヒト・タンパク質の99.7%に相当）の追跡を可能とする参照用ペプチド（proteotypic peptides: PTPs）を網羅している。
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