CRISPRメモ_2019/04/29 (6件) : crisp

1. 高精度版CRISPR-Cas9の活性を、tRNA^Glnプロセシング・システムを利用して、ブーストする

[出典] "Boosting activity of high-fidelity CRISPR/Cas9 variants using a tRNAGln-processing system in human cells" He X, [..] Gu F. J Biol Chem. 2019-04-22.

オフターゲット作用を抑制した高精度版Cas9は往々にして活性が低い。温州医科大学と中国科学院遺伝与発育生物学研究所の研究グループは今回、sgRNAの5'末端への１塩基 (AまたはG)付加が高精度版Cas9の活性に顕著な影響を与え、また、tRNA-sgRNAの融合がCas9の活性を向上させることから、20塩基からなるsgRNAにGと各種tRNAを融合したG-tRNA-N20が高精度版Cas9 (SpCas9-HF1; eSpCas9 ; xCas9)のDNA切断活性に与える効果を、HEK293細胞において分析し、tRNAGln-sgRNAが最も効果的であることを同定し、若年性網膜分離症の原因タンパク質をコードするretinoschisin 1 (RS1) 遺伝子の病原性変異修復実験において、活性のブーストを実証した。
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2. Cas9-sgRNA RNPによる担子菌酵母Pseudozyma antarctica の高効率な遺伝子置換を実現

[出典] "CRISPR/Cas9-mediated gene replacement in the basidiomycetous yeast Pseudozyma antarctica" Kunitake E [..] Kitamoto H. Fungal Genet Biol. 2019-04-23.

農研機構の研究チームは、産業上有用な生分解性プラスチックを分解する酵素 (PaE)と糖脂質を発現可能なP. antarctica において、そのプロトプラストとRNPならびに選択マーカを帯びたドナーDNAを共培養することで、長い (> 0.1 kb)相同アームにて、PaEの効率的遺伝子置換が可能なことを実証した。また、PaADE2 遺伝子の場合は、相同アームを伴わないドナーDNAも挿入されることを見出した。

3. ベータ二項分布モデルにより、プール型CRISPRスクリーンデータの感度の高く偽陰性が少ない解析が可能になる

[出典] "Beta-binomial modeling of CRISPR pooled screen data identifies target genes with greater sensitivity and fewer false negatives" Jeong HH, Kim SY, Rousseaux MWC, Zoghbi HY, Liu Z. Genome Res. 2019-04-23.

プール型CRISPRスクリーンからの大量配列データの解析には、ロバストな標的同定を可能とする統計モデル、sgRNAレベルの定量をもたらす精密マッピングのアルゴリズム、微調整に必要なパラメーター数の抑制、が必要である。Baylor College of MedicineとTexas Children’s Hospitalの研究グループは今回、より信頼性が高く容易に利用可能なアルゴリズムCRISPRBetaBinomial (CB2)を開発し、よく利用されている８種類のプログラム (HiTSelect, MAGeCK, PBNPA, PinAPL-Py, RIGER, RSA, ScreenBEAMおよびsgRSEA)に優るとし、Amazn Web Service上のCRISPRcloudから公開した。

4. 植物ssDNAウイルスを標的とするCRISPR-Cas14a

[出典] "Targeting Plant ssDNA Viruses with Engineered Miniature CRISPR-Cas14a" Khan MZ, Haider S, Mansoor S, Amin I. Trends Biotechnol. 2019-04-22.

配列に依存しないssDNA切断活性を示すCas14aを活用するNational Institute for Biotechnology and Genetic Engineering (パキスタン)の研究チームの成果
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5. CRISPR-Cas9遺伝子編集により、バレイショ (シカゴ種)の耐性機構における核タンパク質coilinの機能を同定

[出典] "Functional Analysis of Coilin in Virus Resistance and Stress Tolerance of Potato Solanum tuberosum using CRISPR-Cas9 Editing" Makhotenko AV, Khromov AV, Snigir EA.et al. Dokl Biochem Biophys. 2019-04-22.