[出典] "CHOPCHOP v3: expanding the CRISPR web toolbox beyond genome editing" Labun K [..] Valen E. Nucleic Acids Res 2019-05-06. [Webサイト] https://chopchop.cbu.uib.no
　CHOCHOP (NAR, 2014)は、TALENとCRISPR-Cas9の標的を同定するWebツールとして開発され、v2 (NAR, 2016)を経て今回、v3へとバージョンアップされた。
  • v2の32生物種から162生物種 (> 200ゲノム)へと拡張
  • DNA編集モードとして、CRISPR KO (ノックアウト)モードにDSBからの修復結果予測を加え、新たに、CRISPR KI (ノックイン; 2 kbまでの相同アーム設計を含む)、CRISPRa/i (プロモーター領域とその隣接領域を対象)、Nanopore標的エンリッチメント (40 kbまでの長い断片の切り出しを可能とするsgRNAsペア同定)の各モードを追加
  • Cas13によるRNA編集モードを新設 (原論文Figure 1引用下図参照)CHOPCHOP v3
  • 出力ページに、短縮タンパク質発現回避の手がかりとなる選択的スプライシングアイソフォームと下流のATGサイトを図示
  • コマンドライン・スクリプトも公開