CRISPR関連文献メモ_2016/11/14（２件） : crisp

（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/11/14）

[注] 本記事の各項は、

Science

11月10日号掲載の展望記事と

Nature Methods

11月号掲載のRESEARCH HIGHLIGHTS２報と原著論文１報に対応しますが、対象原著論文はいずれも別途掲載済みです。

[展望] ヒトゲノムの'暗黒物質（dark matter）’に切り込む
- Corresponding author: Gene W. Yeo (UCSD/U. Singapore/A^*STAR)
- ヒト遺伝子は19,000程度と見積られヒトゲノムの1-2%を占めるに過ぎず、残りの99%が宇宙物理学で使われ始めた用語を借りて暗黒物質と呼ばれ始めた。
- これまで大規模な生化学的解析によって、ヒトゲノムの調節領域の解析が行われてきた。特に、TRIP法やSIF-seq法によって、タンパク質が結合するクロマチンのランドスケープをゲノムワイドで見ることが可能になってきたが、調節領域の機能解析には限界があった。この限界は、CRISPR/Cas9技術によって打ち破られつるある。
- 以下、CRISPR/Cas9による暗黒物質の機能解析への切り込みに関するNature 掲載記事と本ニュースウオッチ欄掲載記事：
  - ^（＊）関連Nature 掲載記事 “The dark side of the human genome” (Kelly Rae Chi, 2016)
    - 暗黒物質の存在と生物学的意味は、ENCODEプロジェクトやそれに続くRoadmap Epigenomicsプロジェクトなどによって徐々に明らかにされ、現在、300万以上の調節領域に1,500万ケ所程度の転写因子結合サイトが存在し、細胞型ごとにおよそ150,000種類のセットが機能していると推定されている。また、一般的な病気（common disease）に相関するSNPsのほとんどがタンパク質をコードする遺伝子領域（コーディング領域）の外の領域（ノンコーディング領域）に位置し、高頻度でENCODEで明らかにされた調節領域上に位置している。しかし、遺伝子のノックアウト実験に対して、ノンコーディング領域のノックアウト実験はこれまで困難であった。CRISPR/Cas9技術の出現によって、ノンコーディング領域に変異を導入し、それによる表現型の変化を観察することが可能になった。
  - CRISPR関連文献メモ_2016/10/01 (Science 展望引用研究)
    1.[論文] CRISPRiによってエンハンサーとプロモーターを体系的にマッピングする
    2.[論文] CRISPRノックアウトスクリーンによってノンコーディング領域の機能エレメントを高精度で同定する
  - CRISPR関連文献メモ_2016/08/24 3.[展望] CRISPR/Cas9システム、転写エンハンサー研究のツールとなる
  - CRISPR関連文献メモ_2016/02/08
    1.[論文] 調節エレメントのハイスループット・マッピング
    2. [NEWS & VIEWS] 調節エレメントのマッピング
  - CRISPR関連文献メモ_2016/01/16 2.[論文] CRISPR/Cas9による非コード領域を対象とするゲノムワイド・スクリーニング
Nature Methods 2016年11月掲載RESEARCH HIGHLIGHTSと原著論文
各項の上段がNature Methods におけるタイトル、下段がニュースウオッチのタイトル
- Making memories with CRISPR-Cas9
  CRISPR関連文献メモ_2016/06/10 3.[論文] 細胞バーコード：mSCRIBE（Mammalian Synthetic Cellular Recorder Integrating Biological Events）法
- Apicomplexans submit to CRISPR screenining
  CRISPR関連文献メモ_2016/09/03 1.[論文] CRISPRによるゲノムワイド遺伝子スクリーンによってトキソプラズマの必須遺伝子を同定
- RNA detection with C2c2
  CRISPR関連文献メモ_2016/09/30 [論文] CRISPR/C2c2の二役
- Directing cellular information flow via CRISPR signal conductors
  CRISPR関連文献メモ_2016/09/13 1.[論文] 細胞内シグナル伝達系の改変：腫瘍増殖・形成シグナルを腫瘍抑制・細胞死シグナルへ変換する