[出典] "CasPDB: an integrated and annotated database for Cas proteins from bacteria and archaea" Tang Z, Chen S [..] Guo F, Huang J. Database (Oxford). 2019-08-14.
電子科技大学 (成都)のJian Huangらは今回、これまでに報告されUniProtでアノテーションが付されているCasタンパク質287種類に加えて、先行研究で自ら開発していたHMMCAS [1]およびCRISPRFinder [2]を介して推定したCasタンパク質257,745種類とCasオペロン3,593種類を同定し、CasPDBとして公開した。由来するバクテリアとアーケアはそれぞれ32,023種類と1,802種類に及んだ (CasDB構築のワークフローと登録データの統計について、それぞれ原論文Figure 1とFigure 2から引用した下図参照)
参考論文・Webサイト・crisp_bio記事
- "HMMCAS: A Web Tool for the Identification and Domain Annotations of CAS Proteins" Chai G, Yu M, Jiang L, Duan Y, Huang J.IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2019 Jul-Aug;16(4):1313-1315.
- CRISPRFinder; アップデート版 CRISPRCasFinder
- CRISPRメモ_2019/07/26 [第3項] [レビュー] CRISPR-Cas技術発展に貢献してきたバイオインフォマティクス
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