[出典] "CRISPR-Cas System of a Prevalent Human Gut Bacterium Reveals Hyper-targeting against Phages in a Human Virome Catalog" Soto-Perez P, Bisanz JE, Berry JD, Lam KN, Bondy-Denomy J, Turnbaugh PJ. Cell Host & Microbe. 2019-09-03
UCSFの研究グループは今回、ヒト腸内に豊富なバクテリオファージと腸内マイクロバイオームの間の相互作用を解明していく観点から、腸内バクテリア内在のCRISPR-Casシステムとヒトvirome (バイローム/ヒトウイルスメタゲノム)の解析に取り組んだ。
- ヒト腸内に内在する放線菌の一種であるEggerthella lentaに注目し(*)、タイプI-C CRISPR-Casシステムが内在・転写され、外因性DNAと内因性DNAの双方を標的することを見出した。
- E. lentaのcas遺伝子配列とスペーサの構成は菌株に依存して変動したが、これらのデータに基づいて、E. lentaのCRISPR-Casシステムが２種類に分類された。
- プロトスペーサの探索を目的として、公開されている18件のvirome (バイローム/ウイルスメタゲノム)解析研究データに基づいて、9ヵ国730人に由来するサンプル1,831種類のデータセットからヒトvirome (バイローム/ウイルスメタゲノム)のデータベースHuVirDBを構築した。
- HuVirDBはこれまでで最大規模であり、E. lentaのCRISPRアレイ内のスペーサの殆どに一致するウイルスDNA断片を含んでいた。
- HuVirDBからまた、複数種類のE. lentaゲノムに内在するスペーサの標的を多重に帯びたウイルス"hyper-targeted"ウイルスが存在することが見えたきた。
- (*) E. lentaはヒト腸マイクロバイオームに拡がっており (81.6%)、薬剤、食品由来生理活性物質から内在化合物まで代謝に広く影響を及ぼし、感染症と慢性疾患と相関している。
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