CRISPRメモ_2019/09/26 - 2 (7件) : crisp

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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト：主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

9. BE-PIGS: a base-editing tool with deaminases inlaid into Cas9 PI domain significantly expanded the editing scope. Wang Y,Zhou L, Liu N, Yao S. Signal Transduct Targeted Ther. 2019-09-20.

APOBEC1をCas9のPIドメインに埋め込むことで、BEの標的可能ウインドウをプロトスペーサーの5'末端から5-7の範囲から4-14の範囲へと拡大 (Fig. 1引用下図参照)

10. NHEJ-Mediated Repair of CRISPR-Cas9-Induced DNA Breaks Efficiently Corrects Mutations in HSPCs from Patients with Fanconi Anemia. Román-Rodríguez FJ [..] Río P. Cell Stem Cell. 2019-09-19.

CRISPR-Cas9誘導DSBのNHEJ経路による修復を介してファンコーニ貧血患者由来の造血幹細胞前駆細胞の読み枠回復を実現

11. Targeted Repair of p47-CGD in iPSCs by CRISPR/Cas9: Functional Correction without Cleavagein the Highly Homologous Pseudogenes. Klatt D [..] Schambach A. Stem Cell Reports. 2019-09-11.

CRISPR/Cas9により慢性肉芽腫症患者に見られるNADPHオキシダーゼ変異p47-ΔGTを帯びたiPSCsを樹立し、Cas9による変異修復を試み、NADPHオキシダーゼの機能回復を実

12. HOLMESv2: a CRISPR-Cas12b-assisted platform for nucleic acid detection and DNA methylation quantitation. Li L [..] Wang J. ACS Synth Biol. 2019-08-18.

好熱性CRISPR-Cas12bに基づく高感度高選択性核酸検出システムHOLMES (an one-HOur Low-cost Multipurpose highly Efficient System)のバージョンアッップ - ４種類の新規応用
参考資料：CRISPRメモ_2018/04/29 [第5項] CRISPR-Cas12aによる核酸検出と診断応用にHOLMES；"CRISPR-Cas12a-assisted nucleic acid detection" Li SY [..] Wang J. Cell Discov 24 April 2018.

13. An overview and metaanalysis of Machine and Deep Learning-Based CRISPR gRNA Design Tools. Wang J, Zhang X, Cheng L, Luo Y. RNA Biol. 2019-09-19.

[レビュー] BGI-Shenzhenなどの研究チームによるレビュー：機械学習と深層学習に基づくgRNA設計ツールの概観と比較解析

14. [REVIEW] Biophysics of RNA-Guided CRISPR Immunity. Loeff L, Joo C. In: Joo C., Rueda D. (eds) Biophysics of RNA-Protein Interactions. Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering. 2019-09-20.

[レビュー] 一分子生物物理学 (Fig. 9.3引用下図参照)によるCRISPR-Cas獲得免疫機構の解明

15. On the expression of recombinant Cas9 protein in E. coli BL21 (DE3) and BL21 (DE3) Rosetta strains. Carmignotto GP, Azzoni AR. J Biotechnology. 2019-09-20.