BioIDを用いてHEK293細胞内タンパク質4,145種類の局在と35,902種類のPPIを同定 : crisp

crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト：主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[出典] A proximity biotinylation map of a human cell. Go CD, Knight JDR [..] Gingras AC. bioRixv. 2019-10-07；データ提供Webサイト：HUMAN CELL MAP - A BioID proximity map of the HEK293 proteome (https://humancellmap.org)

　Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute/University of Torontoの研究グループは、HEK293 Flp-In T-RExにおけるBioIDのデータからSAINTexpressにより細胞コンパートメントのマーカとのインタラクターを高精度で同定した。

32種類の細胞コンパートメント[*]の192種類の高品質マーカ(baits)をもとに、35,902種類の高信頼性近接相互作用と4,424種類の高信頼性インタラクター (preys)を同定し、preysの局在を同定した [* 膜結合型細胞内小器官の細胞質側表面、小胞体内腔、核とミトコンドリアのサブコンパートメント、主たる膜を持たないオルガネラ (中心体、核小体など)および主たる細胞骨格構造 (アクチン、微小管および中間フィラメント)、加えて、細胞内膜系 (初期エンドソームと後期エンドソーム) HUMAN CELL MAPからの画面キャプチャ下図参照]。
4,424種類のpreysのうち、Spatial Analysis of Functional Enrichment (SAFE)により3,252種類を23種類のコンパートメントへ、NonNegative Matrix factorization (NMF)により 4,145種類を20種類のコンパートメントに割り振る結果となった。
局在の再現率は、これまでの大規模な質量分析と顕微鏡による解析に優るとも劣らなかった。
また、これまで局在が同定されていなかったタンパク質のコンパートメントとサブコンパートメントへの局在を同定した。
さらに、これまでになく粒度細かく局在を同定できたことから、例えば、特定の遺伝子についてミトコンドリアのダイナミクスにおける新たな機能も同定するに至った。