BioPlex (Biophysical Interactions of ORFeome-derived complexes)
  • タンパク質の間の相互作用(PPIs: Protein Protein Interactions)の全体像解明を目指して、baitタンパク質とpreyタンパク質の相関をアフィニティー精製と質量分析(AP-MS)で解析・公開.
  • AP-MSの実験パイプラインは、ORFeome(version 8.1)を利用して、ヒト胎児腎細胞由来HEK293T細胞のタンパク質を月に500件発現・AP-MS解析し、単純ベイズ分類器に基づいて開発したCompPASS-Plusにより”high-confidence candidate interacting proteins (HCIPs) ”同定.
  • 2015年発表のversion 1が、2,594 baitsから出発して、7,668遺伝子と23,744 PPIsを網羅していたのに対して、今回のversion 2は、5,891 baitsから出発して、10,691遺伝子と56,533 PPIsを網羅.
  • BioPlex 2.0収録PPIs87%が既出PPIsデータベースに存在していない新規PPIs.ヒトタンパク質複合体データベースCORUMに基づいた複合体カバー率も大幅向上、例えば、PPIs(複合体)の90-100%をカバーする比率が33%からほぼ50%へと上昇.
  • 教師なしマルコフクラスタリング法により、多様な細胞過程に対応する1,320のタンパク質コミュニティー群(サブネットワーク/複合体)を同定:細胞生存に必須の遺伝子がエンリッチされている53コミュニティー同定;DisGeNETを参照し疾患2,053種類に相関する442複合体を同定.
  • データ入手・閲覧・利用サイト

·         BioGRIDPPIshttps://thebiogrid.org/

·         BioPlex Webサイト(データとツール)http://bioplex.hms.harvard.edu

·         NDExbait-preyのペア)http://www.ndexbio.org/

·         ProteomicsDBRAWファイル)https://www.proteomicsdb.org/


  • Huttlin EL, Bruckner RJ, Paulo JA, Cannon JR, Ting L, Baltier K, Colby G, Gebreab F, Gygi MP, Parzen H, Szpyt J, Tam S, Zarraga G, Pontano-Vaites L, Swarup S, White AE, Schweppe DK, Rad R, Erickson BK, Obar RA, Guruharsha KG, Li K, Artavanis-Tsakonas S, Gygi SP, Harper JW. “Architecture of the human interactome defines protein communities and disease networks.” Nature. 2017 May 17. http://doi.org/10.1038/nature22366