[出典] Evolutionary classification of CRISPR–Cas systems: a burst of class 2 and derived variants. Makarova KS, Wolf Y [..] Koonin EV. Nat Rev Microbiol. 2019-12-19.
CRISPR-Casとcas遺伝子の進化的分類体系は、2015年版 [1]の2クラス/5タイプ/16サブタイプから、2019年版は2クラス/6タイプ/33サブタイプへと、拡大した。注目点は３つ：
- クラス２CRISPR-Casシステムの探索と検証が進み、RNAを標的とするタイプVIと、タイプVの新たなサブタイプが発見された。タイプVは、トランスポゾンにコードされたTnpBヌクレアーゼから繰り返し進化し、新たなサブタイプを形成するであろう多数のバリアントを伴うことが示された。
- ヌクレアーゼ活性を欠き獲得免疫応答とは異なる機能を帯びていると思われるバリアントが発見された。その中には、タイプIV、タイプIおよびタイプVが含まれており、多くは可動遺伝要素 (MGE)にコードされていた。これらのバリアントのうち、Tn7様トランスポゾンにコードされたCRISPR-Casバリアントが、crRNA依存のDNAトランスポジションに関与することが実験的に示された [2-3]。これらのバリアントの中には起源を容易に推定可能なものもあるがCRISPR-Casの分類体系での位置付けは今後の課題である。
- CRISPR-Casシステムの特定のバリアントと相関する多数の補助的 (ancillary)遺伝子ファミリーが、特にタイプIIIシステムにおいて、多数同定され、シグナル伝達と調節に関与することが示唆された [4-7]。
[参考レビューとcrisp_bio記事]
- An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems. Makarova KS [..] Koonin EV. Nat Rev Microbiol. 2015 Nov;13(11):722-36. Online 2015 Sep 28.
- 2019-06-08 CAST: CRISPR-Casシステムとトランスポザーゼの協働により、標的ゲノムを切断することなく、外来DNAの挿入を実現
- 2019-06-13 短縮型I-F CRISPR-Casを帯びたトランスポゾンにより、DSBを介さず大腸菌ゲノム標的サイトにDNAをノックイン
- CRISPRメモ_2018/09/10 [第3項] [レビュー] CRISPR-Casシステムは、獲得免疫を超えて様々な細胞過程に関与している
- CRISPRメモ_2018/06/24 [第4項] アーケアとバクテリアのタイプⅢ CRISPR-Cas遺伝子カセット隣接領域に保存されているタンパク質の網羅的探索から39種類の新たなcas遺伝子ファミリーを同定
- CRISPRメモ_2018/05/23 [第1項] CRISPRicity：CRISPR-Casシステムに機能的に強く連関する遺伝子を網羅的に探索
- CRISPRメモ_2017/08/07 [第3項] バクテリアの獲得免疫機構におけるセカンドメッセンジャー発見
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