[2020-05-01更新] Liu, Joung, Zhangを共同設立者とするBeam Therapeutics、'次世代'CBEsを発表 : crisp

2020-05-01 Nature Communcation 2020-04-28刊行 (タイトルを "...'次世代'CBEsをbioRxivに投稿"から"次世代'CBEsを発表"へと変更し、Fig. 2-bの引用を挿入)
2020-04-14 初稿
[出典] "Cytosine base editors with minimized unguided DNA and RNA off-target events and high on-target activity" Yu Y [..] Ciaramella G, Gaudelli NM. Nat Commun 2020-04-28.
(先行bioRxiv 投稿とプレス発表: Next-generation cytosine base editors with minimized unguided DNA and RNA off-target events and high on-target activity. Yu Y [..] Ciaramella G, Gaudelli NM. bioRxiv 2020-02-12; PRESS RELEASE Beam Therapeutics Announces Closing of Initial Public Offering. Beam Therapeutics 2020-02-11 7:41 AM EST)

# 以下のテキストはbioRiv準拠
　David Liu, Keith JoungならびにFeng Zhangを共同設立者とするBeam Therapeuticsは、2月11に締め切ったのIPOで~2億米ドルを調達したところ、2月12日に、オンターゲット塩基変換の高い活性と、オフターゲットの塩基置換活性 (spurious-deamination)の抑制を両立した次世代CBEsを、bioRxivに投稿した。

　実用CBE (Cytosine base editors)の'始祖'である rAPOBEC1を組み込んだBE3 [1]は、高用量にて頻度は低いが、本来のDNAのオフターゲット・サイトにおけるC-to-T変換と、標的細胞内のRNAにC-to-U変換を誘導することが、マウス胚やイネの細胞内で発生すること、また、マウス胚にてSNVsが誘導されること、が報告されてきた [2-5]。これらのオフターゲット現象はCas9非依存であり、シトシン・デアミナーゼ (脱アミノ酵素)とssDNAとの結合親和性に由来することが示唆されていた。

　研究グループは今回、ssDNAの脱アミノ化を高感度かつハイスループットで判定可能な細胞アッセイ法を開発した上で、153種類のシチジン・デアミナーゼをそれぞれ組み込んだCBEs (BE4 [6]; ABE7.10 [7]についても)を評価し、オン/オフ活性の比からみて最も有望なCBEsとして4種類)を同定した [注: 研究グループは当初、デアミナーゼ・ドメインへの変異導入を検討したが、BE4の性能向上に寄与する変異導入を見いだせなかった]。

　さらに、デアミナーゼ・ドメインの構造情報に基づいて変異を導入することで、8種類の次世代CBEsに至った: BE4-PpAPOBEC1, BE4-PpAPOBEC1 (H122A), BE4-PpAPOBEC1 (R33A), BE4-RrA3F, BE4-RrA3F (F130L), BE4-AmAPOBEC1, BE4-SsAPOBEC3B ならびに BE4-SsAPOBEC3B (R54Q) [Fig. 2引用下図参照]