2020-05-08 Sherlock™ CRISPR SARS-CoV-2, FDAのEUA (緊急時使用許可)を獲得, CRISPR技術に基づく診断技術として初: "COVID-19 Test is First FDA-Authorized Use of CRISPR Technology" Sherlock Biosciences News 2020-05-07(ETS); "Sherlock Biosciences CRISPR SARS-CoV-2 Diagnostic Test Gets FDA Emergency Use Authorization" GenomeWeb 2020-05-07.
2020-05-06 Feng Zhangら、SHERLOCK v20200505とSHERLOCLK Testing in One Pot (STOP)
を発表: "SHERLOCK-based one-step test provides rapid and sensitive Covid-19 detection" Lall S. MIT News 2020-05-05
[crisp_bioこれ以前の更新履歴は、文末に移行]
を発表: "SHERLOCK-based one-step test provides rapid and sensitive Covid-19 detection" Lall S. MIT News 2020-05-05
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[出典] Enabling coronavirus detection using CRISPR-Cas13: An open-acces SHERLOCK research protocol. Broad Institute; McGovern Institute. (McGovern WebページはSHERLOCKの解説動画付)
[SHERLOCKに基づくSARS−CoV−2検査関連crisp_bio記事]: crisp_bio 2018-02-23 CRISPRによる核酸検出・診断（DETECTRとSHERLOCK); crisp_bio 2020-05-06 新型コロナウイルス：SHERLOCK、唾液からの迅速その場検査も可能な"STOP"へと進化
概要
Feng Zhang、Omar AbudayyehならびにJonathan Gootenbergの研究チームが、SHERLOCKに基づいて妊娠検査テストと同じような使い方ができる紙ベースで新型コロナウイルスのテストを可能とするプロトコルを、研究用に、公開した (32秒のYouTubeビデオ"SHERLOCK research protocol for COVID-19"参照)。
Feng Zhang、Omar AbudayyehならびにJonathan Gootenbergの研究チームが、SHERLOCKに基づいて妊娠検査テストと同じような使い方ができる紙ベースで新型コロナウイルスのテストを可能とするプロトコルを、研究用に、公開した (32秒のYouTubeビデオ"SHERLOCK research protocol for COVID-19"参照)。
詳細
- 研究チームはSARS-Cov-2の合成RNAをモデルとして、2種類の配列シグナチャーを認識する2種類のcrRNAs (gRNAs)を設計・作出し、Cas13に組み合わせ、SARS-Cov-2 RNAの検出が可能なことを確認した。
- 患者サンプルでの検証はこれからであり、研究所はこのプロトコルを、診断キット用プロトコルとしてではなく研究用プロトコル (research protocol)として発表したが、現在行われているqPCRテスト用に抽出されるのと同じRNAサンプルをテストすることができる。
- 研究所は、SARS-Cov-2サンプルの解析に取り組んでいる研究者には米国に限らず、チームが相談にのり、また、スターターキットも提供するとしている。
- サポートはコチラから: sherlock @ broadinstitute.org
- プラスミドはZhang Lab Addgene repositoryから入手可能、その他の試薬は市販品
- 抽出したRNAを、42℃等温遺伝子増幅25分
- Cas13タンパク質、gRNAおよびレポータ分子と37℃でインキュベーション30分
- 試験紙を浸けて待つこと５分
- 詳細プロトコル (今後、随時更新): A protocol for detection of COVID-19 using CRISPR diagnostics (v.20200214)
- crisp_bio 2019-10-11 Cas13a-crRNAに基づく超高感度核酸検出システムSHERLOCKに標的ssRNAウイルス分解機能を付加
- crisp_bio 2020-01-06 CRISPR-Cas13a超高感度核酸検出法を病原体の直接・高速・高感度・高特異性検出へと展開
[crisp_bio注] 米国CDCのSARS-Cov-2検出キット
米国CDCが700-800検体を同時判定可能なキット (Real-Time Reverse Transcriptase (RT)-PCR Diagnostic Panel)を急遽開発し配布をはじめると2月5日に発表したが、13日になって偽陰性の問題から回収した、と発表した：
米国CDCが700-800検体を同時判定可能なキット (Real-Time Reverse Transcriptase (RT)-PCR Diagnostic Panel)を急遽開発し配布をはじめると2月5日に発表したが、13日になって偽陰性の問題から回収した、と発表した：
- CDC Tests for 2019-nCoV CDC Page last reviewed 2020-02-05.
- Coronavirus Test Kits Sent to States Are Flawed, C.D.C Says. Grady D. The New York Times 2020-02-13.
[2020-02-16 SARS-Cov-2のヒト細胞侵入に必須のスパイク糖タンパク質の構造が報告された]
# 2020-02-23 用語の整理：SARS-CoV-2(ウイルスの名称)がCOVID-19 (ウイルス感染症の名称)を引き起こす
# 2020-02-21 新型コロナウイルスのRBDとACE2の複合体構造解析のbioRxiv投稿へのリンク追加
# 2020-02-16 Jennifer Doudnaが共同設立者であるMammoth Bioscienceは2020-02-15に、Cas12を利用するDETECTRに準拠したSARS-Cov-2の検出プロトコルを発表 (crip_bio 2020-02-19)
# 2020-02-15 11:00 am 初回投稿
- 2020-02-16 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質のクライオ電顕構造
- 2020-02-21 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質とヒト受容体の複合体クライオ電顕構造
# 2020-02-23 用語の整理：SARS-CoV-2(ウイルスの名称)がCOVID-19 (ウイルス感染症の名称)を引き起こす
# 2020-02-21 新型コロナウイルスのRBDとACE2の複合体構造解析のbioRxiv投稿へのリンク追加
# 2020-02-16 Jennifer Doudnaが共同設立者であるMammoth Bioscienceは2020-02-15に、Cas12を利用するDETECTRに準拠したSARS-Cov-2の検出プロトコルを発表 (crip_bio 2020-02-19)
# 2020-02-15 11:00 am 初回投稿
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