CRISPRメモ_2020/03/17 - 1 (7件) : crisp

1. CRISPR-Cas12bが、効率の良い植物ゲノム編集を可能にする

[出典] "CRISPR–Cas12b enables efficient plant genome engineering" Ming M et al. Nat Plants 2020-03-09.

Cas12bは、Cas12aとCas9より小型であり、Cas12aと異なりCas9と同様にcrRNAに加えて tracrRNAを必要とし、dsDNA切断部に付着端を残す。また、マウスとヒトの細胞では、AaCas12bがプロトスペーサとの間で1 bpミスマッチもほとんど許さないことが報告されていた (*)。
(*) CRISPRメモ_2018/12/02 - 2 5. 新奇CRISPR-Cas12bによるヒトおよびマウスゲノム編集
University of Maryland, 南京農業大学と電子科技大学 (成都)の研究グループが、Alicyclobacillus acidoterrestris (Aac), Alicyclobacillus acidiphilus (Aa), Bacillus thermoamylovorans (Bth) およびBacillus hisashii (Bh) 由来のCas12b (旧名 C2c1)が、植物ゲノム編集に有用なことを示した。
AaCas12bが、部位特異的変異誘発の効率でAacCas12bとBthCas12bを凌ぐことを見出した。また、AacCas12bとAaCas12bを介した多重遺伝子編集、および、dCas12bに基づくCRISPRiとCRISPRaも実現した。

2. CRISPR/Cas9 KOにより、スイカにフザリウム耐性を付与

[出典] "CRISPR/Cas9-mediated mutagenesis of Clpsk1 in watermelon to confer resistance to Fusarium oxysporum f.sp. niveum" Zhang M, Liu Q, Yang X et al. Plant Cell Rep 2020-03-09.

標的はファイトスルフォカイン遺伝子Clpsk1遺伝子

3. CRISPR–Cas9技術によるワキシーコーンの野外性能向上

[出典] "Superior field performance of waxy corn engineered using CRISPR–Cas9" Gao H [..] Meeley RB. Nat Biotechnol 2020-03-09.

Corteva Agriscienceの研究グループは、トウモロコシのエリート近交系12種類のwaxyアレルをCRISPR-Cas9で編集することでワキシーコーン・ハイブリッド系を作出し、25ヶ所で野外実験を行った。
これまでの育種法 (バッククロスとマーカに基づくセレクション)よりも1年以上短期間で、従来のハイブリッド系よりも多収量な系統が得られることを実証した。

4. CRISPR/Cas9によるin vitro食品認証: ファイン・ココアとバクル・ココアの識別

[出典] "Genetic authentication: Differentiation of fine and bulk cocoa (Theobroma cacao L.) by a new CRISPR/Cas9-based in vitro method" Scharf A, Lang C, Fischer M. Food Control 2020-03-08.

エクアドルは良質なココアの産出国であるが、ファイン・ココアのNacional (Arriba)の他に、低品質の“Colección Castro Naranjal 51” (CCN-51)が栽培されている。
University of Hamburg の研究チームが、PAM内に位置するSNPを手がかりとしてCCN-51を特異的に標的するCRISPR/Cas9によって、Arribaに混和している10%までのCCN-51の検出を実現した。

5. [ハイライト] 無菌培養過程を必要としない植物遺伝子編集プトロコルを確立　

[出典] "Achieving Plant Genome Editing While Bypassing Tissue Culture" Ji X, Yang B, Wang D. Trends Plant Sci 2020-03-10.

"Plant gene editing through de novo induction of meristems" Maher MF, Nasti RA [..] Voytas DF. Nat Biotechnol 2019-12-16をハイライト; [原論文紹介記事] crisp_bio 2020-01- 02 無菌培養過程を必要としない植物遺伝子編集プトロコルを確立

6. CATS: Cas9-Assisted Tag Switching - 既存の酵母ライブラリーにおけるペプチド・タグのハイスループット変換法

[出典] "CATS: Cas9-assisted tag switching. A high-throughput method for exchanging genomic peptide tags in yeast" Berry LK, Thomas GH, Thorpe PH. BMC Genomics 2020-03-10.

GFPで標識した酵母株のライブラリのゲノム上のGFPタグ配列を標的とするCRISPR-Cas9により、標的ゲノムと共に、Cas9標的部位の配列を組み込んだ直鎖状DNAテンプレートの双方に、DBSを誘導することで、HDRを介して表題を実現
[ノックイン先のゲノムとドナーテンプレートの双方を切断する手法関連crisp_bio記事] crisp_bio 2017-05-06 HITI: 非相同末端結合 (NHEJ)によって、in vivoで非分裂細胞に外来遺伝子をノックイン

7. 結核菌にミニCRISPRアレイを帯びたプラスミドを送り込むことで、内在タイプIII-A CRISPR-Cas10システムを介した遺伝子ノックインとノックアウト、単一/多重遺伝子RNAiおよびゲノムワイドCRISPRiを実現

[出典] "Reprogramming the endogenous type III-A CRISPR-Cas system for genome editing, RNA interference and CRISPRi screening in Mycobacterium tuberculosis" Rahman K, Jamal M [..] , Fu ZF & Cao G. bioRxiv 2020-03-09.