2021-10-03 初稿時のbioRxiv投稿5件 (#2~#6)が全て査読付き論文として刊行された書誌情報を追記 (一部はcrisp_bioの別記事にて紹介)
2020-04-09 初稿
1. プール型誘導性CRISPRiスクリーニングにより、Synechocystis sp PCC 6803をカーボンニュートラルな細胞工場たらしめるに有用な、細胞成長、L-乳酸に耐性と産生に関与する一連の遺伝子を同定 (ワークフローについてFig. 1引用下図参照)

[出典] "Pooled CRISPRi screening of the cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 for enhanced industrial phenotypes" Yao L, Shabestary K [..] Hudson EP. Nat Commun 2020-04-03. 

2. 合成gRNAsの活性は、in silico予測に拠らず、in vivoでアッセイすべき:  合成gRNAsの活性をRFLP解析を介してin vivoスクリーンし、1遺伝子あたり少数 (2種類)のgRNAsでのゼブラフィッシュ機能ゲノミクスを実現; 脊髄再生に関与する30種類のマクロファージ関連遺伝子から軸索再生に必要な遺伝子10種類を同定; 安定な変異体4種類を詳細に解析し、gfb1aが炎症を制御し脊髄再生を亢進することを同定

[出典] "Phenotypic screening using synthetic CRISPR gRNAs reveals pro-regenerative genes in spinal cord injury" Keatinge M, Tsarouchas TM [..]  Becker CG, Lyons DA, Becker T. bioRxiv 2020-04-04. : 2021-04-29 PlosGenetics論文刊行 "CRISPR gRNA phenotypic screening in zebrafish reveals pro-regenerative genes in spinal cord injury" https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009515

3. CRISPR/Cas9による内在性ウイルス様配列 (EVE)削除実験からネッタイシマカにおけるEVEの機能を同定：ネッタイシマカのEVEの一種である非レトロウイルス性のcell-fusion agent virus (CFAV)をモデルとして、EVEに由来するpiRNAが外来ウイルスの増幅を抑制することを同定

[出典] "Non-retroviral endogenous viral element limits cognate virus replication in Aedes aegypti ovaries" Suzuki Y, Baidaliuk A [..]  Lambrechts L, Saleh MC. bioRxiv 2020-03-30. : 2020-07-16 Current Biology 論文刊行. https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.06.057

4. SHERLOCKアッセイにより、プラスモジウム属 (マラリア原虫)の安定した高感度な検出、種の同定、および、薬剤耐性をもたらす１塩基変異の同定が可能になった; コンゴ、ウガンダおよびタイからの123種類の臨床検体ならびにタイ由来のハマダラカ、および、スルファドキシン/ピリメタミン耐性をもたらすA581Gにて、実証

[出典] "A novel CRISPR-based malaria diagnostic capable of Plasmodium detection, speciation, and drug-resistance genotyping" Cunningham CH [..] Juliano JJ, Parr JB. bioRxiv 2020-04-02. : 2021-06-14 EBioMedicine 論文刊行. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2021.103415 [bioRixv 投稿時のタイトルの"speciation"を"species differenciation"へと変更]

5. DNAメチルトランスフェラーゼの標的DNAへの結合を、dCas9-gRANにより物理的に阻害する手法を開発し、ヒト細胞内で、標的サイトでの脱メチル化と遺伝発現との因果関係の解明が可能なことを、実証した; 

[出典] "Unraveling the functional role of DNA methylation using targeted DNA demethylation by steric blockage of DNA methyltransferase with CRISPR/dCas9" Sapozhnikov DM, Szyf M (McGill U). (Nature Comminications 論文刊行 - 2021-10-04 CRISPR/dCas9を用いて，特定のプロモーターでのDNA脱メチル化の機能的役割を解明 https://crisp-bio.blog.jp/archives/27555348.html 

6. CRISPR/Cas9 HDRはオンターゲット部位に望ましくない変異を誘導する: ヒト幹細胞への病因変異導入を試みたところ、編集されたクローンの40%で単一アレルの大規模な削除とヘテロ接合性の喪失が発生していた; この現象は通常の品質管理で捉えられないことから、新たに、定量的ジェノタイピングを可能とする簡便で低コストのPCR法 (qgPCR)およびシーケンシングに基づく手法を開発した。

[出典] "Detection of deleterious on-target effects after HDR-mediated CRISPR editing" Weisheit I [..]  Paquet D. bioRixv 2020-03-29 : 2020年5月Cell Reports論文刊行 - 2020-05-29 疾患モデル作出などに有用なHDRを介したCRISPR遺伝子編集に伴うコラテラルダメージ．https://crisp-bio.blog.jp/archives/23132258.html