2021-04-26 第６項の書誌情報を更新
2020-04-26 初稿
1. [プロトコル] DISCOVER-seqの使い方
2020-04-26 初稿
1. [プロトコル] DISCOVER-seqの使い方
[出典] "CRISPR off-target detection with DISCOVER-seq" Wienert JE [..] Corn JE. Nat Protocol 2020-04-20.
[関連crisp_bio記事] CRISPRメモ_2018/11/15 #1 DISCOVER-seq: CRISPRオフターゲット編集をin vivoで偏りなく検出する法
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2. 多発性嚢胞腎疾患患者の心筋細胞から樹立したiPSCにおいて、CRISPR/Cas9とssODNを介したHDRにてPKD2の変異R803Xを修復し、多発性嚢胞腎疾患研究用同質遺伝子系コントロールとして正常iPSC, IBMS-iPSC-014-05C, を樹立 (生物医学科学研究所と高雄医学大学)
[出典] "Generation of a gene corrected human isogenic IBMS-iPSC-014-C from polycystic-kidney-disease induced pluripotent stem cell line using CRISPR/Cas9" Huo Y [..] Ma J. Stem Cell Res 2020-04-20.
3. ゲノムワイドCRISPR in vivoスクリーンにより、アグレッシブな骨髄性白血病 (*)が二本鎖RNA結合タンパク質Staufen2 (Stau2)に依存することを同定 [* 急性転化慢性骨髄性白血病や急性骨髄性白血病}
- UCSDを主とする研究グループが、マウス疾患モデルにおいて、Stau2欠損が進行を顕著に抑制し延命効果をもたらし、Stau2が急性転化慢性骨髄性白血病と急性骨髄白血病の細胞増殖に必須であることを同定した。
- CRISPRスクリーンに、eCLIPおよびRNS-seqを加えることで、Stau2がクロマチン結合因子を制御し、ひいては、広汎なヒストン・メチル化を改変することが明らかにされた。
[出典] "An in vivo genome-wide CRISPR screen identifies the RNA-binding protein Staufen2 as a key regulator of myeloid leukemia" Bajaj J [..] Reya T. Nat Cancer 2020-04-20.
4. 癌細胞 (AML細胞)のクローン進化を、ヒトiPSCsにCRISPR遺伝子編集を順次加えることで追跡する
ヒトiPSCsに3種類の病因変異 (*)を順次導入し、単一変異、二重変異および三重変異を帯びたiPSC株樹立し、血球分化に応じた変異数増加に伴うクローン進化を再現する「合成デノボ癌発生モデル/“de novo oncogenesis” models」を実現した (* ASXL1のC末端側の短縮; SRSF2P95L; NRASG12D)。
[出典] "Sequential CRISPR gene editing in human iPSCs charts the clonal evolution of leukemia" Wang T [..] Papapetrou EP. bioRxiv 2020-04-20.
5. レポーターを利用したCRISPR/Cas9スクリーンによるMLL遺伝子再構成 (MLLr)急性骨髄性白血病 (ALL)におけるHOXA9レギュロームの機能解析
- U Alabama at Birminghamと St. Jude Children’s Research Hospitalの研究グループは、はじめに、HOXA9-mCherryをMLLr B-ALL細胞株にノックインし、CRISPR/Cas9スクリーンを介して、新奇な制御因子, USF2とそのホモログUSF1, を同定した。
- USF1/USF2の欠損は、HOXA9の発現を下方制御し、MLLr白血病細胞の増殖を阻害した。USF２欠損に伴う白血病細胞増殖阻害は、HOXA9-MEIS1融合タンパク質の異所性発現によってレスキューされた。
[出典] "Functional Interrogation of HOXA9 Regulome in MLLr Leukemia via Reporter-based CRISPR/Cas9 screen" Zhang H, Zhang Y [..] Lu R, Li C. bioRxiv 2020-04-20.
6. スプライス部位を標的とするBE4とABE7.10によって、初代細胞においてタンパク質を高効率で破壊
CRISPR-Cas9シチジン塩基エディターとアデノシン塩基エディター（CBEsとABEs）は、スプライス部位を不活性化（BE-splice）したり、未成熟終止（pmSTOP）コドンを導入することで、二本鎖切断を導入することなく遺伝子を破壊することができる。しかし、これらの方法の詳細な比較や、BE-splice sgRNAを設計するためのモジュラーツールは存在しない。
これらのニーズに対応するため、ミネソタ大学の研究チームはEnsemblに注釈付けされたあらゆるゲノムに対してBE-splice sgRNAを設計し、ランク付けするSpliceR (http://z.umn.edu/spliceR)を開発し [右図画面キャプチャ参照]、TCR-CD3 MHCクラスI免疫シナプスに対するスクリーニングを用いてT細胞における破壊アプローチを比較した。
標的とした遺伝子の中で、スプライス供与体を標的とする方法が最も信頼性の高い破壊方法であり、次いでスプライス受容体を標的とする方法、pmSTOPsを導入する方法、であることがわかった。さらに、CBE BE4はABE ABE7.10よりも破壊に効果的であるが、ABE8eを用いることでこの差は解消されることもあきらかにした。
本研究は、基礎研究者にもトランスレーショナルリサーチの研究者にも有用なモジュール設計ツールとともに、遺伝子破壊のための強固な方法を実証した。
CRISPR-Cas9シチジン塩基エディターとアデノシン塩基エディター（CBEsとABEs）は、スプライス部位を不活性化（BE-splice）したり、未成熟終止（pmSTOP）コドンを導入することで、二本鎖切断を導入することなく遺伝子を破壊することができる。しかし、これらの方法の詳細な比較や、BE-splice sgRNAを設計するためのモジュラーツールは存在しない。
これらのニーズに対応するため、ミネソタ大学の研究チームはEnsemblに注釈付けされたあらゆるゲノムに対してBE-splice sgRNAを設計し、ランク付けするSpliceR (http://z.umn.edu/spliceR)を開発し [右図画面キャプチャ参照]、TCR-CD3 MHCクラスI免疫シナプスに対するスクリーニングを用いてT細胞における破壊アプローチを比較した。標的とした遺伝子の中で、スプライス供与体を標的とする方法が最も信頼性の高い破壊方法であり、次いでスプライス受容体を標的とする方法、pmSTOPsを導入する方法、であることがわかった。さらに、CBE BE4はABE ABE7.10よりも破壊に効果的であるが、ABE8eを用いることでこの差は解消されることもあきらかにした。
本研究は、基礎研究者にもトランスレーショナルリサーチの研究者にも有用なモジュール設計ツールとともに、遺伝子破壊のための強固な方法を実証した。
[出典] "CRISPR-Cas9 cytidine and adenosine base editing of splice-sites mediates highly-efficient disruption of proteins in primary cells" Kluesner MG, Lahr WS [..] Moriarity BS. (bioRxiv 2020-04-18) Nat Commun. 2021-04-23. https://doi.org/10.1038/s41467-021-22009-2
7. CRISPR/Cas9による農業害虫シルバーリーフコナジラミのゲノム編集
Pennsylvania State U.とCornell Uの研究グルーブは、微小な胚へのインジェクションに替えて、卵巣を標的とするペプチドリガンド (“BtKV”)を融合したCas9 RNPとsgRNAsを雌成体腹部に注入することで、G2世代で21変異体と81野生型を得た。
[出典] "CRISPR/Cas9-based genome editing in the silverleaf whitefly (Bemisia tabaci)" Heu CC [..] Rasgon RL. bioRxiv 2020-03-20.
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