1. CRISPR-Cas12aに基づく超高感度で定量的な自動化ワンポット分子診断装置を開発
University of Connecticutの研究グループから、2020年3月27日のbioRxiv投稿 [*] に続いて、標題装置"Dynamic Aqueous Multiphase Reaction (DAMR)"をAnalytical Chemistryから発表した。
- DAMRでは糖濃度の勾配を利用して、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅 (RPA)とCRISPS-Cas12aを介した蛍光検出とが、空間的に分離されているが連結された液相内で進行する。
- DAMRによりHPV16/18のDNAの検出を1時間以内に10/100コピーまでの感度で実現した。また、３Dプリンターで制作したマイクロフリュイディスク・デバイスにより、ヒトの臨床スワブ検体中のHPV16/18の多重検出も実現した。さらに、ヒト血漿サンプルを対象に、前処理することなく、標的DNAを直接増幅し検出することに成功した。
[出典] "Dynamic aqueous multiphase reaction system for one-pot CRISPR-Cas12a based ultrasensitive and quantitative molecular diagnosis" Yin K, Ding X, Li Z, Zhao H, Cooper K, Liu C. Anal Chem 2020-05-10.
2. CRISPR-Mb3Cas12aによるマウスゲノムの効率的編集
U Nevadaの研究グループが、Moraxella bovoculi AAX11_00205由来のCas12aにより、PAM配列としてTTVを認識し、Cas12aについてこれまで報告されていたTTTV PAMに縛られること無く、また、オンターゲットでの欠失・挿入を最小限に留めつつ、70%を超える編集効率を実現可した。また、DNAドナーテンプレートを利用したノックイン効率 40%も実現した。
[出典] "Efficient genome editing by CRISPR-Mb3Cas12a in mice" Wang Z, Wang Y, Wang S [..] Yan W. J Cell Sci 2020-05-11.
3. CRISPR/LbCas12aにより論理回路を構築し、検索結果黄色ブドウ球菌の遺伝子を迅速高感度検出
天津科技大学の研究チームは今回、LbCas12aのコラテラルssDNA切断活性が発揮されると蛍光を発するssDNAレポータを基盤として、crRNA、標的となるdsDNAまたはssDNA [**]、crRNAの標的にならないRNAまたはdsDNAの組合せによって、2入力に依存するAND, ORおよびINH (inhibition)の3種類の論理回路を開発した [原論文のFig. 1 とFig. 2 参照]。また、ANDに基づいて、S. aureusのfemA 遺伝子とfemA 遺伝子を標的とするS. aureusの検出装置を構築した [~2時間, 検出限界103CFU/mL, ダイナミックレンジ 103~107 CFU/mL]。
[出典] "Integration of logic gates to CRISPR/Cas12a system for rapid and sensitive detection of pathogenic bacterial genes" Peng L, Zhou J, Yin L, Man S, Ma L. Anal Chim Acta 2020-05-13
[**] "CRISPR-Cas12a has both cis- and trans-cleavage activities on single-stranded DNA" Li SY, Cheng QX, ~ Wang J. Cell Research 2018-03-12.
[参考crisp_bio記事] crisp_bioコレクション: Cas12
[**] "CRISPR-Cas12a has both cis- and trans-cleavage activities on single-stranded DNA" Li SY, Cheng QX, ~ Wang J. Cell Research 2018-03-12.
[参考crisp_bio記事] crisp_bioコレクション: Cas12
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