2020-06-13 [追記] 2020-06-04にPreprintsに投稿されたレビューを「2020-06-13 CRISPR技術によるSARS-CoV-2迅速検出法」に収録
2020-06-03 [追記] 東大医科研からタイプI-E CRISPR-CasシステムのCas3エンドヌクレアーゼのコラテラルssDNA切断活性に基づくSARS-CoV-2迅速検査法CONANが発表された。
2020-05-21 [修正] ブログタイトルの"CRISPR/Cas9 ..."を"CRISPR/Cas ..."に修正しました。
2020-05-20 初稿
[出典] "SARS-CoV-2/COVID-19 Detection Method Based on CRISPR/Cas" Suresh S. Addgene's Blog May 5, 2020 9:15:00 AM.
2020-06-03 [追記] 東大医科研からタイプI-E CRISPR-CasシステムのCas3エンドヌクレアーゼのコラテラルssDNA切断活性に基づくSARS-CoV-2迅速検査法CONANが発表された。
2020-05-21 [修正] ブログタイトルの"CRISPR/Cas9 ..."を"CRISPR/Cas ..."に修正しました。
2020-05-20 初稿
[出典] "SARS-CoV-2/COVID-19 Detection Method Based on CRISPR/Cas" Suresh S. Addgene's Blog May 5, 2020 9:15:00 AM.
パンデミックをコントロールするには広汎な検査が必要である。米国CDCはCOVID-19の診断にRT-qPCRを、感染歴判定に血清検査を利用しているが、試薬と機器の調達に限界があり、また、長いターンアラウンドタイムを要することから、CRISPRのような他の技術に注目が集まっている。Iowa State Universityの Shravanti Sureshが今回、CRISPR/Cas9に基づいてSARS-CoV-2/COVID-19の検出法をAddGeneのブログにまとめた。
ブログの冒頭に用意されている概要図Fig. 1を以下に引用した：
ブログの冒頭に用意されている概要図Fig. 1を以下に引用した：
続いて、4種類の手法についてエフェクター、感度、所要時間、必要な機器、手法および特徴がまとめられている。なお、必要機器はいずれについても大型のそしてまたは高価な装置を必要とせず、POCTへの展開を期待できる。
1. DETECTR
- Cas12a; COVID-19陽性サンプル83例について感度95%, 特異度100%; 唾液から直接ウイルス検出を可能 (RNA抽出不要)とした派生型も報告されている
- [crisp_bio記事] "新型コロナウイルス検出プロトコル改訂: DETECTR"
2. SHERLOCK
- Cas13; 感度と時間は、2段階版とワンポット版それぞれ、ゼプトモル・レベル/30~60分と、フェムトモル~アトモル・レベル/ 15~30分 [参照 Nat Protocol Table 1]
- [crisp_bio記事] "SHERLOCK、唾液からの迅速その場検査も可能な"STOP"へと進化"
- [crisp_bio記事] "新型コロナウイルス検出プロトコル公開：SHERLOCK"
- [論文] "SHERLOCK: nucleic acid detection with CRISPR nucleases" Kellner MJ, Koob JG, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Zhang F. Nat Protoc. 2019-10-14 (2019-09-23) .
3. AIOD-CRISPR (All-in-one dual CRISPR/Cas12a)
- Cas12a; 感度 1.2 DNA copies, 4.5 RNA copies; 時間 ~90分; SHERLOCK酷似; ワンポット反応
- [投稿] "All-in-One Dual CRISPR-Cas12a (AIOD-CRISPR) Assay: A Case for Rapid, Ultrasensitive and Visual Detection of Novel Coronavirus SARS-CoV-2 and HIV virus" DIng X, Yin K, Liu C. bioRxiv 2020-03-21.
4. CREST (Cas13-based, Rugged, Equitable, Scalable Testing)
- Cas13; 感度 10 copies RNA/μL; 1~2時間
- [投稿] A Scalable, Easy-to-Deploy, Protocol for Cas13-Based Detection of SARS-CoV-2 Genetic Material. Rauch JN, Valois E [..] Acosta-Alvear D, Wilson MZ. bioRxiv 2020-04-21. > J Clin Microbiol. 2021-03-19. https://doi.org/10.1128/JCM.02402-20
5. FELUDA (FnCas9 Editor Linked Uniform Detection Assay)
- Francisella novicida Cas9 (FnCas9); 感度 ~110フェムトモル; ~1-2時間
- [投稿] Rapid, field-deployable nucleobase detection and identification using FnCas9. Azhar M, Phutela R [..] Chakraborty D, Maiti S. bioRxiv 2020-04-09.
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