[20220208更新] 新型コロナウイルス迅速検査法：DETECTRとSHERLOCKに、日本からコナンが続く : crisp

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[注] コナン：CONAN (Cas3 Operated Nucleic Acid detectioN); 名探偵コナン
2022-02-08 iScience 誌から論文刊行
[出典] "CRISPR-Cas3-based diagnostics for SARS-CoV-2 and influenza virus" Yoshimi K [..] Mashimo T. iScience 2022-01-24. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103830; 東大医科研プレスリリース「国産ゲノム編集技術CRISPR-Cas3を用いたCOVID-19迅速診断法の開発ー最短40分で試験紙による正確な診断が可能にー」2022-01-30. https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/about/press/page_00009.html
CRISP_SCIENCE@ScienceCrisp
&vquot;CRISPR-Cas3-based diagnostics for SARS-CoV-2 and influenza virus&vquot; Yoshimi K [..] Mashimo T.
(medRxiv 2020-06-02)… https://t.co/RgkZFSi5OP
2022/02/08 14:56:15
2020-06-07 初稿
[出典] "Rapid and accurate detection of novel coronavirus SARS-CoV-2 using CRISPR-Cas3" Yoshimi K [..] Mashimo T. medRxiv 2020-06-02[プレプリント]; 東大医科研プレスリリース「国産ゲノム編集技術CRISPR-Cas3を用いたCOVID-19迅速診断法の開発」2020-06-03.

　Yoshimi (吉見一人)らは2019年に、タイプI-E CRISPR-CasシステムのCas3エンドヌクレアーゼを利用したエクソン・スキッピングによるDMD遺伝子変異修の成果をNature Communication 誌に発表 [1]していたが、今回、Cas3が、タイプV CRISPR-CasシステムのCas12aと同様に、標的dsDNA切断時に周辺のssDNAを無差別に切断する活性 (以下、コラテラル活性)を帯びていることを同定した上で、そのコラテラル活性を活かした新型コロナウイルス迅速検出法CONANを開発した。

Cas12aをベースにしたDETECTRと同様に、CONANの場合も、前処理として臨床検体から抽出したSARS-CoV-2のゲノムRNA (核タンパク質をコードする遺伝子N1とN2)を、RT-LAMPを介してDNAとして増幅し (62℃, 20分)、続いて、CONANにてCas3のコラテラル活性によりssDNAプローブが切断されることで消光されていた蛍光色素FITCが発光し(37℃, 10分)、ウイルスを検知可能となる。
また、POCT (臨床現場即時検査)への利用を想定して、抗FITC抗体を帯びた金ナノ粒子をライン上にセット*したラテラルフローアッセイ (LFA)試験紙により目視で判定可能(2分)とした [* 切断されなかったssDNAプローブは第1のラインに捕捉され、切断されたssDNAプローブは第1ラインで補足されず第2のラインで捕捉される]。
こうしてRT-LAMP/CONAN/LFAの構成により、40分以内で標的dsDNAのシングル・コピーのレベルまで検出可能とした。
COVID-19患者由来検体を対象とした実証実験では31件について、陽性一致率 90% (9/10)、陰性一致率 95.3% (20/21)と、PCR検査法と同等の感度と特異度を達成した。

　[Cas3/CRISPRdx関連crisp_bio記事]