[出典] REVIEW "CRISPR-based assays for rapid detection of SARS-CoV-2" Javalkote S, Kancharla N, Bhadra B, Shukla M, Soni B, Sapre A, Goodin M, Bandyopadhyay A, Dasgupta S. (Preprints 2020-06-04) Methods. 2022-10-10. https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.10.003
Reliance Industries Ltd, R&D-Synthetic Biology group (Navi Mumbai)にU Kentuckyが加わったグループによるレビュー。Addgene'sのブログ "SARS-CoV-2/COVID-19 Detection Method Based on CRISPR/Cas" [crisp_bio 2020-05-20]と比較すると、CRESTが含まれていないが、ENHANCEとCASdetecが追加され、各手法の図解が加えられている。
今回のbioRxiv投稿収録ツール一覧
- Cas13a (C2c2): SHERLOCK; HUDSON; SHERLOCK 2.0
- Cas12a (Cpf1) : DETECTR; AIOD-CRISPR (All-in-One Dual CRISPR-Cas12a); ENHANCE (Enhanced analysis of nucleic acids with crRNA extensions);
- Cas12b: CASdetec (CRISPR-Cas12b-mediated DNA detection)
- FnCas9: FELUDA (FnCas9 Editor Linked Uniform Detection Assay)
各ツールの標的のリスト (Table 4)と、所要時間などの比較表 (Fig. 10)をそれぞれ左下図と右下図に引用
- Cas13a: CREST (Cas13-based, Rugged, Equitable, Scalable Testing)
双方に含まれていなかったツール
- Cas3: CONAN (Cas3 Operated Nucleic Acid detectioN)
各CRISPRdxツールに関連するcrisp_bio記事または投稿
- SHERLOCK: 2020-05-08 新型コロナウイルス：SHERLOCK、唾液からの迅速その場検査も可能な"STOP"へと進化
- SHERLOCKとHUDSON: "Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13" Myhrvold C, Freije CA [..] Zhang F, Sabeti PC. Science 2018 Apr 27;360(6387):444-448.
- DETECTR: 2020-05-21 新型コロナウイルス：Mammoth Biosciences, DETECTRに基づく簡易キット開発へ
- AIOD-CRISPR: 2020-03-27 All-In-One Dual CRISPR-Cas12a: Cas12aの使い方を工夫したSARS-CoV-2とHIV-1の超高感度検出システム
- ENHANCE "Enhancement of trans-cleavage activity of Cas12a with engineered crRNA enables amplified nucleic acid detection" Nguyen LT, Smith BM, Jain PK. bioRxiv 2020-04-14.
- CASdetec: "SARS-CoV-2 detection with CRISPR diagnostics" Guo L, Sun X, Wang X, Liang C, Jiang H, Gao Q, Dai M [..] Zhou Q, Li W. bioRxiv 2020-04-11.
- FELUDA: "Rapid, field-deployable nucleobase detection and identification using FnCas9" Mohd. Azhar [..] Chakraborty D, Maiti S. bioRxiv 2020-04-21.
- CREST: A Scalable, Easy-to-Deploy, Protocol for Cas13-Based Detection of SARS-CoV-2 Genetic Material. Rauch JN, Valois E [..] Acosta-Alvear D, Wilson MZ. bioRxiv 2020-04-21.
- CONAN: 2020-06-07 新型コロナウイルス迅速検査法：DETECTRとSHERLOCKに、日本からコナンが続く
CRISPRdx一般に関するcrisp_bio記事
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