[出典] "Mapping CRISPR spaceromes reveals vast host-specific viromes of prokaryotes" Shmakov SA [..] Koonin EV. Commun Biol 2020-06-22.
NCBIとInstitute of Molecular Genetics (モスクワ)の研究グループは、CRISPR-Cas獲得免疫機構において免疫記憶とされるCRISPRアレイ内のスペーサーの大多数がゲノムデータベースで公開されているプロトスペーサと一致しない"ダークマター"であることから、先行研究 に続いて[crisp_bio記事参照*]その起源を追跡した。
研究グループは、特定の宿主ゲノム内の全てのスペーサー(spacerome) と、特定の宿主に感染する全ウイルス (viromes)のゲノムおよび宿主のゲノムの配列との間の一致をk-mersから見た [Fig. 1引用右図参照]。
- スペーサーのほとんどが宿主特異的なviromes由来であり、宿主由来のスペーサは極めて限定的であった。
- Viromesが由来するとされたウイルスの大多数は、これまでに同定されたウイルスの類縁である可能が性があるが、新奇であった。
研究グループはタイプI-E CRISPR-Casシステムを帯びたE. coliへのT5ファージとλファージの感染・スペーサ獲得実験 [Fig. 4参照]も行い、in silicoの結果よりも自己ゲノムを標的とするスペーサーが多いことを見出し、in silicoの結果は、自己標的スペーサが進化の過程で排除されてきたことを示唆するとした。
[*] 関連crisp_bio記事
- CRISPRメモ_2017/09/23 [第2項] CRISPRのスペース空間は、ほとんど種特異的モバイロームで埋め尽くされている
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