[出典] "CRISPR-Sub: analysis of DNA substitution mutations caused by CRISPR-Cas9 in human cells" Hwang GH, Yu J [..] Bae S. Comput Struct Biotechnol J 2020-06-25.
漢陽大学を主とする研究グループは今回、Cas9プラスミドだけを導入するモック細胞と、Cas9プラスミドに加えてsgRNAプラスミドも導入した細胞由来のDNAを対象とするターゲット・ディープシーケンシングの比較解析から塩基置換変異を同定する手法 'CRISPR-Sub'を開発した [ワークフローについてFig. 1参照]
- CRISPR-Subによって、HeLa細胞において、塩基置換変異が比較的高頻度で発生する (p > 0.001)ホットスポットを‘apparent substitutions (以下、AS)’と定義し、標的ごとに‘AS frequencies (以下、ASF)’を算定し、51ヶ所の標的についてASFの平均値0.8%を得た。
- ASは主としてCas9切断サイト近傍で発生し、塩基置換に特定の偏りは見られなかった。
- ASFは、NHEJ因子 (LIG4)をノックアウトした細胞で有意に低下し、ASがNHEJ過程に因ることが示唆された。
- HEK293T細胞でもHeLa細胞で見られたのと同様なASが見られた。
- CRISPR-Subによる解析を深めることで、新たな塩基エディターを作り出すことが可能かもしれない。
CRISPR-Subの公開サイト
- プログラム入手サイト https://github.com/Gue-ho/CRISPR-Sub
- オンライン利用サイト http://www.rgenome.net/crispr-sub
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