crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[出典] REVIEW: Point-of-care CRISPR/Cas nucleic acid detection: Recent advances, challenges and opportunities. Van Dongen JE [..] Segerink LI. Biosens Bioelectron 2020-07-26.  

構成

1. イントロダクション

2. CRISPR/Casシステムの分類 
2.1 タイプII エフェクタータンパク質
2.2 タイプV エフェクタータンパク質
2.3 タイプVI エフェクタータンパク質
2.4 POCT用CRISPR/Casセンシング・システム
  • WHOが設定したPOCTの要件 (ASSURED guidelines: Affordable, Sensitive, Specific, User-friendly, Robust and rapid, Equipment-free, Deliverable to all people who need the test)
  • CRISPR/C2c2の二役 
  • Cas13a (C2c2)をベースにしたSHERLOCKとCas12aをベースとしたDETECTRとHOLMESなど
2.5 蛍光チップと可搬性リードアウトシステム
2.6 カロリメトリック・リードアウトシステム
2.7 エレクトロニック・リードアウトシステム

3. POC CRISPRセンシング・システムの課題
3.1 PAMの制約
3.2 標準化
3.3 定量定期解析
3.4 多重化
3.5 核酸増幅(等温増幅法の選択), CRISPRエフェクターの選択、および統合化
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