CRISP-view: CRISR/Cas9とRNAiをベースとした遺伝子スクリーニング結果を品質管理の上で網羅したデータベース : crisp

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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト：主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[出典] "CRISP-view: a database of functional genetic screens spanning multiple phenotypes" Cui Y, Chng X [..] Li W. Nucleic Acids Res 2020-10-03.

　RNAiに続くCRISPR/Cas9の技術によって、関心のあるフェノタイプ (phenotype of interest)と相関する遺伝子群をハイスループットでスクリーニング可能になり、その結果を広く共有できる時代になった。このオープンなデータ資源は、遺伝子型と表現型の関連に関わる知識の宝庫であり、機能ゲノミクスを支える研究基盤である。

　こうした認識のもとに、Children’s National Hospital (Washington DC), Dana-Farber Cancer Institute, Beijing Key Laboratory of Therapeutic Gene Engineering Antibody, Northeastern University (瀋陽)などの米中研究グループは、CRISPR/Cas9とRNAiをベースとしたスクリーニングの成果を網羅したデータベースCRISP-viewを構築した。

PubMed, Gene Expression Omnibus (GEO), e!Ensembl および Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) を情報源として、167編の論文に由来するデータを集積した (2020年9月22日時点) [Figure 1 引用左下図とFIgure 2 引用右下図参照]。
　　
全てのデータを、標準的なMAGeCK-VISPR [*] 解析パイプラインを利用してキュレーション (curation)し、アノテーションを付し、プロセスし、品質管理した。
フェノタイプとしては、in vitroおよびin vivoでの細胞増殖と生存性, 癌免疫療法への応答, ウイルスに対する応答, タンパク質の発現などを網羅している。
CRISP-viewは、http://crispview.weililab.orgにて公開されている[画面キャプチャー引用右図参照]。