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｜CRISPR

[出典] "A web tool for the design of prime-editing guide RNAs" Chow RD, Chen JS, Shen J, Chen S. Nat Biomed Eng. 2020-09-28.
PE components
　プライム・エディティング (PE)は、配列の挿入と欠失、12種類の全ての塩基置換 (トランジッションとトランスヴァージョンの双方)を実現したが、sgRNAsの3'末端にプライマー・結合・サイト (primer bindeing site: PBS)と逆転写テンプレート(RT)を結合したsgRNAsよりも複雑なpegRNAsを用意する必要がある [Wikipedia挿入図引用右図参照]。

　Yale University School of Medicineの研究グループは、pegRNAs設計支援ツールを開発し"pegFinder"として公開した(http://pegfinder.sidichenlab.org の画面キャプチャー引用右下図参照)。2020-10-06 14.55.18
  • pegFinderは、pegRNAs候補にオンターゲット活性とオフターゲット活性をスコア付し、また、編集効率を高めるためにpegRNAの標的とならなかったDNA鎖にもCas9nによるニックを入れるために必要なsgRNA候補も提供する。
  • pegFinderは、野生型のSpCas9 (Cas9-NGG)の他に、Cas9-NG とCas9-SpRY についても対応している。
  • pegFinderは、クローニング用のオリゴヌクレオチド配列を伴った候補pegRNAsの表を出力する。
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