[出典] "CEN‐tools: an integrative platform to identify the contexts of essential genes" Sharma S, Dincer C, Weidemüller P, Wright GJ, Petsalaki E. Mol Syst Biol. 2020-10-19.
EMBLとWellcome Sanger Instituteの研究チームが今回、Context‐specific Essentiality Network‐tools (CEN‐tools)を開発し、活用すると共に、Webサイト http://cen-tools.com/から公開した [右図はWebサイトのトップページの一部]。- ProjectScore [1]とDepMap [2-4]のデータセットの統合的解析から、コア必須遺伝子 (core essential genes)*を新たに190種類同定した。
[*] コア必須遺伝子は、core fitness genesとも呼ばれ、全ての細胞型と全ての条件下で、細胞機能の中核を担う遺伝子および細胞の生存に必須の遺伝子を意味し、そのノックアウトによって細胞はフィットネスを失う。 - Context‐specific Essentiality Networks (CENs)を介して、コンテクストに依存して共に必須性を帯びる遺伝子 (context‐specific gene co‐essentialities)のネットワーク可視化を実現した。
- CENsに公開されているPPIネットワークを組合せて、遺伝子間相互作用の遺伝子ペア候補の優先順位付けを実現した。
- CEN-toolsを介して、転移性メラノーマ細胞株においてSOX10とSRFの間のリンクを発見し、NRAS変異メラノーマに特有な必須細胞過程を明らかにした。
- Materials and Methodsの表にはCEN-toolsのベースになったデータセットとして、Project ScoreとDepMapの他に, Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE), GTEx, Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (CancerRx), Cell line passports, BAGEL (Bayesian Analysis of Gene Essentiality), ADaM (Adaptive daisy model), HPSCs (Human Pluripotent Stem Cells), TRRUST, Surfaceome, SLCs (solute carrier proteins), Kinases, BioMart, およびCancer Genome Interpreterが概要, 利用目的および参考文献と共にリストされている。
[引用crisp_bio記事]
- "Integrated cross-study datasets of genetic dependencies in cancer" Pacini C [..] Iorio F. (bioRxiv. 2020-05-25) Nat Commun. 2021-03-12. : 項目3のデータベースの拡充版 (26種類の組織と42の癌型にわたる786種類の細胞株に由来する16,827遺伝子を網羅)
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