[出典] "iCSDB: an integrated database of CRISPR screens" Choi A, Jang I [..] Lee B, Lee S. Nucleic Acids Res. 2020-11-02.
梨花女子大学校とKRIBBを主とする研究グループは、公開されているCRISPR-Cas9スクリーニングのデータ資源が、利便性と更新性を欠いているとして、今回、iCSDBを開発し、https://www.kobic.re.kr/icsdb/から公開した。
CRISPR-Cas9スクリーニングの主たる情報源2種類, DepMap [1] とBioGRID ORCS [2], の公開データをベースとして、異なるCRISPRライブラリーを統合する際に問題になるバッチ効果を排除し、スクリーニング・スコアを統一的メトリックへと変換し、ノックアウト効率を計算した。- その上で、臨床データと分子データをアノテーションデータ*として加えて細胞株からの検索を容易にした [* Figure 1から引用した右図の左下のボックス内]。
- さらに、対話型の操作法とビューワーを用意することで、スクリーニングデータを選択し、遺伝子レベルとgRNAレベルで容易に分析・比較可能とした。
[引用crisp_bio記事]
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