[出典] "CRISPAltRations: a validated cloud-based approach for interrogation of double-strand break repair mediated by CRISPR genome editing" Kurgan G [..] McNeill MS. bioRxiv. 2020-11-15. [Preprint] ; CRISPAlt-Rations Prototype Webサイト https://idtcrispr.bluebee.com/

 CRISPR-Casシステムによるゲノム編集によって発生するオンターゲット編集とオフターゲット編集の結果は、ゲノムをリシーケンシングすることで評価することが可能である。Integrated DNA TechnologiesにDana-Farber Cancer InstituteとIllumina Incが加わった研究グループは今回、CRISPR/Cas9とCRISPR/Cas12aがそれぞれ誘導したDSBからのNHEJを介した修復結果を判定し (編集/コントロール 500セットの実験)2020-11-19 10.09.59そのデータに基づいて、indelsとHDRを正確に判定しアノテーション可能とするソフトウエア'CRISPAltRations'を開発し、クラウド環境から情報セキュリティーの基準 (HIPAA)に準拠して安全にWebブラウザーから利用可能な形で公開した [CRISPAltRationsの概要についてFigure 1引用右図参照]。

 CRISPAltRationsのアノテーション性能は、rhAmpSeq™ [1]アンプリコン・シーケンシング・データ (11 gRNAs/603オンターゲットサイトとオフターゲットサイト)で評価し、Amplican [2],  CRISPResso, ならびにCRISPResso2 [3]に優るとした。
  • 2020-11-19 10.10.15CRISPAltRationsによるアノテーション結果から、DSBからの修復プロファイルがCas9とCas12aに依存するとともに、細胞株ごとに異なることを見出した。
  • また、CRISPAltRationsによるアノテーション結果に基づいて、修復結果予測プログラムのinDelphi [4]とFORECasT [5]の性能評価も試みた [性能評価結果について Figure S9引用右図参照]。

 [参考crisp_bio記事]
  1. rhAmpSeq™ CRISPR: Multiplexed Amplicon Sequencing & Analysis. Chernick A (Integrated DNA Technologies) YouTube (45m 53s) 2020-11-16
  2. CRISPRメモ_2018/01/19 シーケンシング解析からCRISPR編集イベントを精密に判定する全自動パイプライン"ampliCan"
  3. CRISPRメモ_2019/03/07 - 1 [第1項] ディープシーケンシングデータ解析によるCRISPRゲノム編集結果判定法"CRISPResso"を大幅に改訂
  4. 機械学習モデルにより一塩基編集技術を磨く (2件) [第1項] ディープラーニングに基づくモデルにより、NHEJ/MMEJを介した1-bp挿入と病因変異修復を実現
  5. CRISPRメモ_2018/08/27 [第1項] Cas9が誘導するDSBの修復過程で生成される変異は、周囲の配列から予測可能