[出典] "Genome-scale CRISPR screening at high sensitivity with an empirically designed sgRNA library" Henkel L [..] Boutros M. (bioRxiv 2020-04-25) BMC Biology. 2020-11-23. https://doi.org/10.1186/s12915-020-00905-1
[crisp_bio注] 本記事は、bioRxiv 2020-04-25に準拠した「CRISPRメモ_2020/04/27 - 1 [第6項] ゲノムスケールのスクリーニングデータのマイニングに基づいて設計したsgRNAライブラリーにより、高感度なプール型CRISPRスクリーニングを実現」を改訂して以下に掲載

     Michael Boutrosが率いるGerman Cancer Research Centerの研究グループは今回、先行研究にてヒト細胞を対象とするスクリーニングデータを蓄積したGenomeCRISPRデータベース (NAR, 2016)から、439件のゲノムスケールの遺伝子フィットネス (適応度/必須性)スクリーンからのフェノタイプを伴うデータをベースとして、BAGEL (BMC Bioinformatics, 2016)に再解析なども行って、一貫してオンターゲット活性が高くオフターゲット活性が低いsgRNAsを選択し新たなゲノムスケールsgRNAライブラリー' Heidelberg CRISPR library (HD CRISPR library)'を構築した。

 経験的選択に基づくHD CRISPR libraryは、sgRNAs設計ルールに基づいて高スコアなsgRNAsと整合し、さらに、ライブラリー構築にそのデータを利用しなかったヒトHAP1細胞を対象とするスクリーニングにおいて、コンテクストに依存する必須遺伝子群と、コンテクストに依存しないコア必須遺伝子群の同定をもたらした。

 また、Cas9による編集結果が不均一なバルクの細胞集団を対象とするよりも、Cas9による編集活性が高いシングルセル・クローンを予め選択した上で解析する方が、必須遺伝子欠損のフェノタイプを明確に示し、より小規模なsgRNAsライブラリーで遺伝子の必須性の判定が実現することを示した。