[出典] "RNA timestamps identify the age of single molecules in RNA sequencing" Rodriques SG, Chen LM [..] Boyden ES, Chen F. Nat Biotechnol 2020-10-19. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0704-z
RNAタイムスタンプは、mRNAの3'UTRに組み込んだ多重なアデノシンのアレイと多重なMS2結合部位であり、ADAR2を融合したMS2カプシドタンパク質が多重なMS2結合部位に結合することで、mRNAに近接したADAR2によって、アデノシンのイノシンへの変換 (A-to-I)が進行する。こうして、A-to-I変換数から経過時間を判定する。
シングルセルRNA-seq (scRNA-seq)によって遺伝子発現の動態のスナップショットを捉えることが可能になった。MITとBroad Instituteを主とする研究グループは今回、RNA timestamps (RNAタイムスタンプ)を介して、scRNA-seqのデータに時間情報を組み合わせた解析を可能とした。
RNAタイムスタンプは、mRNAの3'UTRに組み込んだ多重なアデノシンのアレイと多重なMS2結合部位であり、ADAR2を融合したMS2カプシドタンパク質が多重なMS2結合部位に結合することで、mRNAに近接したADAR2によって、アデノシンのイノシンへの変換 (A-to-I)が進行する。こうして、A-to-I変換数から経過時間を判定する。
HEK293T細胞において、Tet onシステムでプロモーターを1時間活性化後、12時間に渡ってA-to-Iの発生と経過時間の相関を解析し、2.7 ± 0.4 h (信頼区間 95%)の分解能で経過時間を判定可能なことを同定した。また、同一プロモーターにより転写が進行する複数のRNAのタイムスタンプを取ることで、時間の精度が高まることも示された。
[論文Fi.g 1参照またはYou Tube解説動画参照]
[mRNAの寿命に関するcrisp_bio記事]
- crisp_bio 2017-07-24 mRNAの寿命を測り直す ; “Multiplexed gene control reveals rapid mRNA turnover.” Baudrimont A, Voegeli S, Viloria EC [..] Becskei A. Sci Adv. 2017 Jul 12;3(7):e1700006. - "mRNA degradation was considerably faster in comparison to previous estimates, with a median half-life of around 2 min"
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