crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

  • 同一論文・投稿 (to be publishedを含む)ごとのリストのため、新規公開エントリーより以前に公開されたエントリーも含まれている場合がある。
  • カラムTitleは、To be publishedの投稿については仮置であり、ジャーナルからの公開時には変更されている可能性がある。
  •  カラムRelease Dateの"AUTH"はPDBでの"編集処理済、登録者の確認・同意待ち"を意味し、"HPUB"はPDBでの"論文発表待ち"を意味する。
  • 2020年9月2日以前に公開された構造については、PDBj Web siteの新型コロナウイルスの構造情報 全エントリー, または, crisp_bioの過去記事「新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その6その5その4その3その2その1」参照
  • 2020-09-02日以後、PDBの更新に合わせて新規公開分を原則毎週水曜日に投稿

    ID

    Title

    Release Date

    論文

    Yang, K.S.,Ma, X.R.,Ma, Y.,Alugubelli, Y.R.,Scott [..] Fierke, C.A.,Tseng, C.K.,Xu, S., Liu, W.R.

    A Quick Route to Multiple Highly Potent SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors.

    ChemMedChem 2020-12-07

    7JPY

    Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in its apo-form

    2020-12-23

    7JPZ

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI1

    2020-12-23

    7JQ0

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI3

    2020-12-23

    7JQ1

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI4

    2020-12-23

    7JQ2

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI5

    2020-12-23

    7JQ3

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI6

    2020-12-23

    7JQ4

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI7

    2020-12-23

    7JQ5

    Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with inhibitor MPI8

    2020-12-23

    投稿

    Kokic G, Hillen JS, Tegunov D, Dienemann C, Seitz F [..] Höbartner C, Cramer P.

    Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase inhibition by remdesivir

    bioRxiv 2020-10-28

    To be published in Nat Commun

    7B3B

    Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -3 (structure 1)

    2020-12-23

    7B3C

    Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -4 (structure 2)

    2020-12-23

    7B3D

    Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with AMP at position -4 (structure 3)

    2020-12-23

    論文

    Nichols, C.E.,Ng, J.,Keshu, A.,Fraternali, F.,de Nicola, G.F.

    A New Crystal Form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain: CR3022 Complex - An Ideal Target for In-Crystal Fragment Screening of the ACE2 Binding Site Surface

    Front Pharmacy 2020-12-14

    6ZLR

    Soaking competent crystal form of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain (RBD):CR3022 complex.

    2020-12-23

    投稿

    Higuchi, Y.,Suzuki, T.,Arimori, T.,Ikemura, N.,Mihara, E.,Kirita, Y.,Ohgitani, E.,Mazda, O.,Motooka, D.,Nakamura, S.,Matsuura, Y.,Matoba, S.,Okamoto, T.,Takagi, J.,Hoshino, A.

    High affinity modified ACE2 receptors protects from SARS-CoV-2 infection in hamsters

    bioRxiv 2020-12-14

    7DMU

    Structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with high affinity ACE2 mutant 3N39

    2020-12-23

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