[出典] "Evaluation of Homology-Independent CRISPR-Cas9 Off-Target Assessment Methods" Chaudhari HG [..] Kernytsky A. CRISPR J. 2020-12-18. https://doi.org/10.1089/crispr.2020.0053

　CRISPR Therapeuticsの研究グループが今回、PAM配列の存在と標的DNAとgRNAの配列相同性に依存しないオフターゲット編集候補サイト予測法３種類の性能を、前者の配列相同性指向で予測したオフターゲット編集候補サイト75,000ヶ所でベンチマークした。
  • 対象とした予測法は、細胞ベースのGUIDE-seq [1]と生化学的アッセイ法であるCIRCLE-seq [2]とSITE-seq [3]である。
  • 実験は、HEK293T細胞をプラットフォームとしてStreptococcus pyogenes Cas9と標的特異性のレベルが異なる8種類のgRNAsのセットで実行した。
  • 偽陽性率が低いことと、シーケンシングで解析した結果との相関が高いことから、ex vivo CRISPR-Cas療法に必要なオフターゲット・サイトのアッセイには、GUIDE-seqが最適と判定した。
[引用crisp_bio記事と論文, および関連crisp_bio記事]
  1. crisp_bio 2017-04-16 CRISPR-Casヌクレアーゼのオフターゲット効果をゲノム全域にわたって俯瞰可能にするGUIDE-seq
  2. CRISPRメモ_2018/10/22 [第1項]  [プロトコル] CIRCLE-seqによりCRISPR-Cas9のヌクレアーゼの活性をゲノムワイドで決定する。
  3. SITE-seq "Mapping the genomic landscape of CRISPR-Cas9 cleavage" Cameron P, Fuller CK [..] Young JK, May AP. Nat Methods. 2017-05-01.
  4. [参考] 細胞ベースのアッセイ法DISCOVER-deq CRISPRメモ_2018/11/15 [第1項] DISCOVER-seq: CRISPRオフターゲット編集をin vivoで偏りなく検出する法.