crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

  • 同一論文・投稿 (to be publishedを含む)ごとのリストのため、新規公開エントリーより以前に公開されたエントリーも含まれている場合がある。
  • カラムTitleは、To be publishedの投稿については仮置であり、ジャーナルからの公開時には変更されている可能性がある。
  •  カラムRelease Dateの"AUTH"はPDBでの"編集処理済、登録者の確認・同意待ち"を意味し、"HPUB"はPDBでの"論文発表待ち"を意味する。公開後に更新されたエントリーについては、公開日に、リスト作成時点での最終更新日を"/"を介して追記した。
  • 2020年9月2日以前に公開された構造については、PDBj Web siteの新型コロナウイルスの構造情報 全エントリー, または, crisp_bioの過去記事「新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その6その5その4その3その2その1」参照
  • 2020-09-02日以後、PDBの更新に合わせて新規公開分を原則毎週水曜日に投稿

    ID

    Title

    Release Date


    Chamandi, S.D.,Zhang, J.,Kim, Y.,Perera, P.,Makin, S.,Meyerholzm, D.,Nguyen, H.N.,Kashipathy, M.M.,Battaile, K.P.,Lovell, S.,Perlman, S.,Groutas, W.C.,Chang, K.O.

    Title: to be determined

    To be published

    7K0F

    1.65 A resolution structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a deuterated GC376 alpha-ketoamide analog (compound 5)

    2021-01-13


    Costanzi, E.,Demitri, N.,Giabbai, B.,Storici, P.

    Crystal structure of myricetin covalently bound to the main protease (3CLpro/Mpro) of SARS-CoV-2

    To be published

    7B3E

    Crystal structure of myricetin covalently bound to the main protease (3CLpro/Mpro) of SARS-CoV-2

    2021-01-13

    投稿

    Günther S, Reinke PYA [..] Meents A. 

    Massive X-ray screening reveals two allosteric drug binding sites of SARS-CoV-2 main protease 

    または

    Inhibition of SARS-CoV-2 main protease by allosteric drug-binding

    bioRxiv 2020-11-12 

    または

    bioRxiv 2020-11-23

    7B83

    Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to pyrithione zinc

    2021-01-13


    Ni, X.,Knapp, S.,Chaikuad, A.,Structural Genomics Consortium

    Crystal structure of SARS-CoV-2 macrodomain in complex with -----

    To be published

    7BF3

    Crystal structure of SARS-CoV-2 macrodomain in complex with adenosine


    2021-01-13

    7BF4

    Crystal structure of SARS-CoV-2 macrodomain in complex with GMP

    2021-01-13

    7BF5

    Crystal structure of SARS-CoV-2 macrodomain in complex with ADP-ribose-phosphate (ADP-ribose-2'-phosphate, ADPRP)

    2021-01-13

    7BF6

    Crystal structure of SARS-CoV-2 macrodomain in complex with remdesivir metabolite GS-441524

    2021-01-13


    Fearon, D.,Schuller, M.,Rangel, V.L.,Douangamath, A.,Rack, J.G.M.,Zhu, K.,Aimon, A.,Brandao-Neto, J.,Dias, A.,Dunnet, L.,Gorrie-Stone, T.J.,Powell, A.J.,Krojer, T.,Skyner, R.,Thompson, W.,Ahel, I.,von Delft, F.

    PanDDA analysis group deposition of ground-state model of SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain

    To be published

    5S74

    PanDDA analysis group deposition of ground-state model of SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain

    2021-01-13


    Fearon, D.,Schuller, M.,Rangel, V.L.,Douangamath, A.,Rack, J.G.M.,Zhu, K.,Aimon, A.,Brandao-Neto, J.,Dias, A.,Dunnet, L.,Gorrie-Stone, T.J.,Powell, A.J.,Krojer, T.,Skyner, R.,Thompson, W.,Ahel, I.,von Delft, F.

    PanDDA analysis group deposition

    To be published


    PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain in complex with …

    2021-01-13

    105 entries

    5S3W, 5S4C, 5S49, 5S2P, 5S2U, 5S20, 5S3R, 5S3S, 5S3E, 5S2Y, 5S34, 5S36, 5S44, 5S73, 5S2X, 5S2D, 5S33, 5S2H, 5S1I, 5S2Z, 5S4E, 5S38, 5S48, 5S1K, 5S4K, 5S3U, 5S1A, 5S2A, 5S1U, 5S4A, 5S2V, 5S2W, 5S2L, 5S2I, 5S3T, 5S3J, 5S28, 5S1O, 5S42, 5S3Q, 5S47, 5S1Y, 5S3L, 5S3B, 5S2O, 5S2C, 5S2K, 5S35, 5S3P, 5S2S, 5S2T, 5S43,5S2B, 5S1G, 5S2J, 5S3Y, 5S2E, 5S3V, 5S4J, 5S26, 5S27, 5S1Q, 5S3X, 5S18, 5S4F, 5S4I, 5S2R, 5S2N, 5S1W, 5S2M, 5S24, 5S3G, 5S31, 5S45, 5S1S, 5S3F, 5S39, 5S32, 5S3K, 5S3I, 5S4G, 5S1E, 5S1C, 5S22, 5S4H, 5S3A, 5S1M, 5S4B, 5S3N, 5S3C, 5S2F, 5S41, 5S3D, 5S40, 5S3O, 5S3H, 5S2G, 5S30, 5S46, 5S37, 5S4D, 5S3M, 5S2Q, 5S29, 5S3Z

    2021-01-13

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