[出典] "Optimized RNA-targeting CRISPR/Cas13d technology outperforms shRNA in identifying functional circRNAs" Zhang Y, Nguyen TM, Zhang X-O [..] Clohessy JG, Pandolfi PP. Genome Biol 2021-01-21. https://doi.org/10.1186/s13059-021-02263-9
Harvard Medical Schoolを主とする研究グループは今回、ヒト肝細胞癌 (human hepatocellular carcinoma, HCC)を対象としてshRNAsによるノックダウンとCRISPR/Cas13dによるノックダウンを比較し、 circRNAsのback-splicing joint (BSJ)を標的とするgRNAを最適化したCRISPR/Cas13dによるノックダウンが優るという結論に達した。
HCCに関連するcircRNAs 2,543種類のBSJを標的とするCRISPR/Cas13d-gRNAライブラリーに基づくスクリーニングにより、ソラフェニブ に対する耐性をもたらすcircRNAsのサブセットを同定し、CRISPR/Cas13dが機能性circRNAsのハイスループット・スクリーニングに有用なことを示した。
環状RNA (circRNAs)の同定と解析の手法として、環状RNAのCRISPR-Cas13dによるノックダウンがshRNAsによるノックダウンに優ることは、Shanghai Institute of Biochemistry and Cell BiologyとShanghai Institutes for Biological Sciencesを主とする研究グループが昨年Nature Methods誌に発表 [*]していた。
[*] crisp_bio 2020-12-10 CRISPR-Cas13システムにより機能性環状RNAをスクリーニング https://crisp-bio.blog.jp/archives/24991341.html
Harvard Medical Schoolを主とする研究グループは今回、ヒト肝細胞癌 (human hepatocellular carcinoma, HCC)を対象としてshRNAsによるノックダウンとCRISPR/Cas13dによるノックダウンを比較し、 circRNAsのback-splicing joint (BSJ)を標的とするgRNAを最適化したCRISPR/Cas13dによるノックダウンが優るという結論に達した。
HCCに関連するcircRNAs 2,543種類のBSJを標的とするCRISPR/Cas13d-gRNAライブラリーに基づくスクリーニングにより、ソラフェニブ に対する耐性をもたらすcircRNAsのサブセットを同定し、CRISPR/Cas13dが機能性circRNAsのハイスループット・スクリーニングに有用なことを示した。
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