[出典] "TALEN outperforms Cas9 in editing heterochromatin target sites" Jain S, Shukla S [..] Zhao H. Nat Commun. 2021-01-27. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20672-5
ゲノム編集は標的サイトの選択的認識に決定的に依存する。しかし、細胞内のクロマチン環境におけるゲノム編集タンパク質の標的探索の機構については、未だ、十分解明されるに至っていない。
University of Illinois at Urbana−Champaignを主とする研究グループは今回、生細胞内1分子イメージングとTIDE (Tracking of Indels by Decomposition) 解析により, CRISPR/Cas9 (実験対象はdCas9)とTALEN, のユークロマチンとヘテロクロマチンの双方の領域における動態と編集効率を比較解析した。
- 短い露出時間 (10-20 ms)と長い露出時間 (500 ms)の２種類の条件でイメージングすることで、高速な反応と低速の反応の双方を観察した。
- dCas9もTALENも高速な３次元拡散と低速なゲノム上の局所的探索 (ゲノム上の一次元スライドとホッピング (< 5 bp))を組み合わせて標的を同定していた。
- dCas9はヘテロクロマチン内にて標的以外の部位での局所的探索に時間を費やすため、(dCas9とTALEそれぞれ5.87秒と1.8秒)、編集効率がTALENに劣るとした。
- TIDE (Tracking of Indels by Decomposition)https://tide.nki.nl/ 解析からはヘテロクロマチン領域ではTALENの編集効率がCas9の5倍までに達することを見出した。
コメント