[出典] "Detection of genetic variation and base modifications at base-pair resolution on both DNA and RNA" Wang Z [..] Ouellet J, Hamilton G. (bioRxiv 2020-04-04) Commun Biol. 2021-01-29. https://doi.org/10.1038/s42003-021-01648-7
複雑なゲノム機能の制御機構を理解するには、核酸の変異を正確に捉えることが必須である。
Depixus SASを主とする研究グループは今回、一分子磁気ピンセット(MT)プラットフォームを利用して [Fig.1-a 引用右図参照]、DNAまたはRNAの同一分子内の塩基配列変異と重要なエピジェネティック塩基修飾を、高レベルの感度、特異度および精度で同定可能なことを示した。
Depixus SASを主とする研究グループは今回、一分子磁気ピンセット(MT)プラットフォームを利用して [Fig.1-a 引用右図参照]、DNAまたはRNAの同一分子内の塩基配列変異と重要なエピジェネティック塩基修飾を、高レベルの感度、特異度および精度で同定可能なことを示した。 加えて、関心のあるゲノム領域をCRISPR技術を利用してネイティブDNAから切り出して、核酸配列増幅過程を経ずに、濃縮する技術も導入した。
Figure 5-a を引用した右図にあるように、第１段階で標的領域の両端をCsa12aで保護した上で、外側をエキソヌクレアーゼで分解し、第２段階で第１段階で得たdsDNA断片の両端をdCas9で保護し、第３段階で、MTプラットフォームに必要なヘアピン構造を形成するためにλエキソヌクレアーゼによりDNA鎖を消化する [詳細はSupplementary Information内9-10ページのSupplementary Figure 8参照]。
Figure 5-a を引用した右図にあるように、第１段階で標的領域の両端をCsa12aで保護した上で、外側をエキソヌクレアーゼで分解し、第２段階で第１段階で得たdsDNA断片の両端をdCas9で保護し、第３段階で、MTプラットフォームに必要なヘアピン構造を形成するためにλエキソヌクレアーゼによりDNA鎖を消化する [詳細はSupplementary Information内9-10ページのSupplementary Figure 8参照]。- 大腸菌ゲノム由来, ならびに脆弱X症候群患者細胞のFMR1 5'UTR由来、双方の数キロbpの長さのDNAの濃縮を実現した。
- その上で、MTプラットフォームを介して、大腸菌におけるアデニンとシトシンの塩基修飾レベルの差異、ならびに、FMR1 のリピート配列伸長とメチル化の状態を明らかにした。
コメント