crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

  • 同一論文・投稿 (to be publishedを含む)ごとのリストのため、新規公開エントリーより以前に公開されたエントリーも含まれている場合がある。
  • カラムTitleは、To be publishedの投稿については仮置であり、ジャーナルからの公開時には変更されている可能性がある。
  •  Release Dateのカラムの略号など: "AUTH" = PDBでの"編集処理済、登録者の確認・同意待ち"; "HPUB" = PDBでの"論文発表待ち"; "WAIT" = 編集処理開始, 登録者からの連絡待ち; "REPL" = 登録者より新しい座標を受理、再処理が必要; 公開後に更新されたエントリーについては、リスト作成時点での最終更新日を初回公開日に追記。
  • 2020年9月2日以前に公開された構造については、PDBj Web siteの新型コロナウイルスの構造情報 全エントリー, または, crisp_bioの過去記事「新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その6その5その4その3その2その1」参照
  • 2020-09-02日以後、PDBの更新に合わせて新規公開分を原則毎週水曜日に投稿

    ID

    Title

    Release Date


    Benton, D.J.,Wrobel, A.G.,Roustan, C.,Borg, A.,Xu, P.,Martin, S.R.,Rosenthal, P.B.,Skehel, J.J.,Gamblin, S.J.

    The effect of the D614G substitution on the structure of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2

    To be published

    関連

    論文

    Benton DJ et al.

    Receptor binding and priming of the spike protein of SARS-CoV-2 for membrane fusion.

    Nature 2020-12-10

    7BNM

    Closed conformation of D614G SARS-CoV-2 spike protein

    2021-02-03

    7BNN

    Open conformation of D614G SARS-CoV-2 spike with 1 Erect RBD

    2021-02-03

    7BNO

    Open conformation of D614G SARS-CoV-2 spike with 2 Erect RBDs

    2021-02-03

    投稿

    Ahmad, J.,Jiang, J.,Natarajan, K.,Boyd, L.F.,Margulies, D.H.

    Synthetic nanobody–SARS-CoV-2 receptor-binding domain structures identify distinct epitopes

    bioRxiv 2021-01-27

    7KGJ

    Crystal structure of synthetic nanobody complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain

    2021-02-03

    7KGK

    Crystal structure of synthetic nanobody complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain

    2021-02-03

    7KLW

    Crystal structure of synthetic nanobody complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain

    2021-02-03

    7KGL

    Crystal structure of synthetic nanobody (SARS-CoV-2の構造は含まない)

    2021-02-03


    Li, Z.,Rini, J.

    cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with …


    To be published

    7KXJ

    SARS-CoV-2 spike protein in complex with Fab 15033-7, 3-"up", asymmetric

    2021-02-03

    7KXK

    SARS-CoV-2 spike protein in complex with Fab 15033-7, 2-"up"-1-"down" conformation

    2021-02-03

    投稿

    Rouet, R., Mazigi, O. [..] Christ, D.

    Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1 antibodies

    bioRxiv 2020-12-15

    7KZB

    RBD:CR3022-B6:CR3014-C8 (1:1:1) [Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies]

    2021-02-03

    7KZA

    CR3022-B6

    HPUB

    7KZC

    m396-B10

    HPUB

    投稿

    Jones, B. E. [..] Falconer E. 

    LY-CoV555, a rapidly isolated potent neutralizing antibody, provides protection in a non-human primate model of SARS-CoV-2 infection

    bioRxiv 2020-10-09 

    7L3N

    SARS-CoV 2 Spike Protein bound to LY-CoV555

    2021-02-03


    Patskovska, L.,Patskovsky, Y.,Krogsgaard, M.

    Human leukocyte antigen ….. in complex with SARS-CoV2 epitope …..

    To be published

    7LFZ

    Human leukocyte antigen B*07:02 in complex with SARS-CoV2 epitope IPRRNVATL

    2021-02-03

    7LG0

    Human leukocyte antigen B*07:02 in complex with SARS-CoV2 epitope SPRWYFYYL

    2021-02-03

    7LG2 

    Human leukocyte antigen A*0201 in complex with SARS-CoV2 epitope ALWEIQQVV

    2021-02-03

    7LG3

    Human leukocyte antigen A*0201 in complex with SARS-CoV2 epitope KLWAQCVQL

    2021-02-03


    Noske, G.D.,Nakamura, A.M.,Gawriljuk, V.O.,Lima, G.M.A.,Zeri, A.C.M.,Nascimento, A.F.Z.,Oliva, G.,Godoy, A.S.

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - …….

    To be published

    7LFE

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - F2X Entry Library E03 fragment

    2021-02-03

    7LFP

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - F2X Entry Library G05 fragment

    2021-02-03

    7KFI

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - apo structure

    2020-10-28

    2021-01-27

    7KPH

    SARS-CoV-2 Main Protease in mature form

    2020-11-18

    7KVG 

    SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant in complex with N and C-terminal residues

    2020-12-30

    2021-01-27

    7KVL

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - FMAX Library E01 fragment

    2020-12-30

    2021-01-27

    7KVR

    SARS-CoV-2 Main protease immature form - FMAX Library E09 fragment

    2020-12-09

    2021-01-27

    7KZB

    Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies

    2021-01-20

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