[出典] "Arrayed CRISPR reveals genetic regulators of tau aggregation, autophagy and mitochondria in Alzheimer’s disease model" Duan L et al. Sci Rep 2021-02-03. https://doi.org/10.1038/s41598-021-82658-7
[略語と用語解説]
AbbVieの研究グループは今回、HCIを読み出しとして利用するアレイ型CRISPR KOスクリーニングの自動化システムを開発し、ヒト神経芽細胞腫SH-SY5Yにおいて、ADの多様な病態を調節する遺伝子群とパスウエイを同定し、ADへの新たなアプローチの手がかりを得た [スクリーニングのワークフローとハイコンテントイメージングについてそれぞれFigure 1引用右図の d と e を参照]。
[略語と用語解説]
- AD: アルツハイマー病
- アレイ型CRISPR KOスクリーン: マイクロアレイを構成する多数のウエルごとに単一遺伝子がノックアウトされる様式でのCRISPR-Cas9遺伝子ノックアウトスクリーン
- ハイコンテントイメージング (HCI): (ここでは)共焦点顕微鏡を介した分子動態と細胞小器官の形態の解析
AbbVieの研究グループは今回、HCIを読み出しとして利用するアレイ型CRISPR KOスクリーニングの自動化システムを開発し、ヒト神経芽細胞腫SH-SY5Yにおいて、ADの多様な病態を調節する遺伝子群とパスウエイを同定し、ADへの新たなアプローチの手がかりを得た [スクリーニングのワークフローとハイコンテントイメージングについてそれぞれFigure 1引用右図の d と e を参照]。- 1,525遺伝子を標的とする多重なsgRNAsを利用したスクリーニングにより、ADの病態を調節する新たな遺伝子群と遺伝子ネットワークを発見した。
- NF-κBパスウエイとLKB1複合体 (遺伝子CAB39)が、タウの凝集を調節することを同定した。
- ミトコンドリアの形態と呼吸機能と遺伝子発現プロファイルが相関することを同定した。
- 機械学習を介して、オートファジーのプロセスにおいて遺伝子とパスウエイの新機能を同定した。
- 細胞の特徴量33種類に基づいたクラスタリングを介して、各遺伝子の機能とその相互作用を同定した [Figure 6参照 https://www.nature.com/articles/s41598-021-82658-7/figures/6]。
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