[出典] "Tn7-CRISPR-Cas12K elements manage pathway choice using truncated repeat-spacer units to target tRNA attachment sites" Hsieh S-C, Peters JE. bioRxiv. 2021-02-06 [プレプリント] https://doi.org/10.1101/2021.02.06.429022
Cornell UniversityのJ. E. Petersらは、先行研究[1]で、Tn7*-CRISPR-IFシステムにおいて、染色体のattachment site (attサイト)への転移を誘導するgRNAsのクラスと、プラスミドとファージを標的とするgRNAsのクラスが存在することを見出した 。前者が垂直伝播を、後者が水平伝播に相当する。
[*] Tn7トランスポゾンはE. coliで発見され、attTn7と命名された特定のサイトに限り高頻度で転移し、他のサイトへの転移は低頻度という特徴を帯びている [Mol Microbiol, 1991]。
研究チームは今回、Tn7-CRISPR-Cas12K [2]についても、CRISPRアレイから、プラスミドとファージを標的とするgRNAのクラスに加えて、attサイト (tRNA遺伝子を主として, その他の機能性RNA遺伝子およびmutSとmutL のミスマッチ修復遺伝子)を標的とするgRNAのクラスが短縮型のリピート配列とスペーサ配列のユニットから生成されることを見出した。
また、CRISPRアレイの類似性から、タイプI-D CRISPR-Casシステムが、Tn7-CRISPR-Cas12Kシステムのスペーサ獲得機能を担っていることが示唆されるとした。
[参考crisp_bio記事]
Cornell UniversityのJ. E. Petersらは、先行研究[1]で、Tn7*-CRISPR-IFシステムにおいて、染色体のattachment site (attサイト)への転移を誘導するgRNAsのクラスと、プラスミドとファージを標的とするgRNAsのクラスが存在することを見出した 。前者が垂直伝播を、後者が水平伝播に相当する。
[*] Tn7トランスポゾンはE. coliで発見され、attTn7と命名された特定のサイトに限り高頻度で転移し、他のサイトへの転移は低頻度という特徴を帯びている [Mol Microbiol, 1991]。
研究チームは今回、Tn7-CRISPR-Cas12K [2]についても、CRISPRアレイから、プラスミドとファージを標的とするgRNAのクラスに加えて、attサイト (tRNA遺伝子を主として, その他の機能性RNA遺伝子およびmutSとmutL のミスマッチ修復遺伝子)を標的とするgRNAのクラスが短縮型のリピート配列とスペーサ配列のユニットから生成されることを見出した。
また、CRISPRアレイの類似性から、タイプI-D CRISPR-Casシステムが、Tn7-CRISPR-Cas12Kシステムのスペーサ獲得機能を担っていることが示唆されるとした。
[参考crisp_bio記事]
- 2020-12-08 Tn7-CRISPR-Casトランスポゾンの転移は全てCRISPRアレイに由来するgRNAにガイドされる. https://crisp-bio.blog.jp/archives/24971143.html
- [2] [20200628更新] CAST: Cas12kとトランスポザーゼの協働によりドナーDNAを効率よくノックイン. https://crisp-bio.blog.jp/archives/18164585.html
- Tn7-CRISPR-Casの利用: [20201124更新] INTEGRATE: Tn様トランスポゾンをベースとして、バクテリアゲノム編集の効率化と多重化を実現 https://crisp-bio.blog.jp/archives/23669855.html
- [4] 2020-12-08 [まとめ] CRISPR/Casシステムとトランスポゾンの共存と協働 https://crisp-bio.blog.jp/archives/24971094.html
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