2021-03-25 HT-PAMDA論文がNature Protocol 2021年3月号 (16巻3号)誌の表紙に取り上げられた。
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[出典] "Scalable characterization of the PAM requirements of CRISPR-Cas enzymes using HT-PAMDA" Walton RT, Hsu JY, Joung JK, Kleinstiver BP. Nat Protoc 2021-02-05. https://doi.org/10.1038/s41596-020-00465-2
HT-PAMDAはスケーラビリティーに加えて、SpCas9に限らず, 高性能化したSpCas9改変体, Cas9とクラスの異なるオーソログ/エフェクター(例 Cas12a), さらにCBE/ABEにも展開可能であり、また、さまざまな条件下でのPAMの同定を可能とする特徴を持っている 。
[*] "Unconstrained genome targeting with near-PAMless engineered CRISPR-Cas9 variants" Walton RT, Christie KA, Whittaker MN, Kleinstiver BP. Science 2020-03-26. https://dx.doi.org/10.1126/science.aba8853; 2020-03-27 ヒトゲノムのほぼ全域をCas9で標的可能になった - PAMの呪縛を解いたSpGとSpRY. https://crisp-bio.blog.jp/archives/22386839.html
2021-02-09 初稿Ben Kleinstiver@BKleinstiver
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2021/03/25 00:08:05
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[出典] "Scalable characterization of the PAM requirements of CRISPR-Cas enzymes using HT-PAMDA" Walton RT, Hsu JY, Joung JK, Kleinstiver BP. Nat Protoc 2021-02-05. https://doi.org/10.1038/s41596-020-00465-2
HT-PAMDAはB. P. Kleinstiverらがヒトゲノムのほぼ全域を標的可能とするSpGとSpRYを発表した論文 [*]で初めて報告したハイスループットPAM判定法"high-throughput PAM determination assay"に由来する [HT-PAMDAのワークフローについてFig. 2参照]。
HT-PAMDAの詳細な実験プロトコルに先立って、開発の経緯, 利用法, 他のPAM同定法との比較 [Table 1参照], HT-PAMDAの特長と限界, および実験計画の立て方を論じた。HT-PAMDAはスケーラビリティーに加えて、SpCas9に限らず, 高性能化したSpCas9改変体, Cas9とクラスの異なるオーソログ/エフェクター(例 Cas12a), さらにCBE/ABEにも展開可能であり、また、さまざまな条件下でのPAMの同定を可能とする特徴を持っている 。
[*] "Unconstrained genome targeting with near-PAMless engineered CRISPR-Cas9 variants" Walton RT, Christie KA, Whittaker MN, Kleinstiver BP. Science 2020-03-26. https://dx.doi.org/10.1126/science.aba8853; 2020-03-27 ヒトゲノムのほぼ全域をCas9で標的可能になった - PAMの呪縛を解いたSpGとSpRY. https://crisp-bio.blog.jp/archives/22386839.html
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