[出典] "Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments" Choo XY [..] Ouyang JF, Rackham OJL. ACS Synth Biol 2021-02-24. https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00499
 Duke-NUS Medical School (Singapore)を主とする研究グループの成果。
  • CRISPRi/aとsc-RNA-seqの組み合わせにより、数百の遺伝子について発現の抑制または活性化が細胞過程に及ぼす影響を、一回の実験で同時に解析することが可能になった。さらに最近、バーコーディング技術を利用して、同一細胞からmRNAとgRNAの双方を同時に捕捉することも可能になった。10x Genomics’v3 chemistry with Feature Barcodingtechnolog [https://www.10xgenomics.com/jp/products/single-cell/Feature Barcodingテクノロジー]では、ゲル粒子に、ポリアデニル化されているmRNA (poly (A) mRNA)を捕捉するpoly (dT)プライマーに加えて、"capture sequences"と呼ばれる2種類のプライマー配列 (C1とC2)をセット可能であり、C1またはC2に相補的な配列をgRNAに組み込んでおくことで、同一細胞からのmRNAsとgRNAsを捕捉可能になる。
  • 研究グループは今回、ヒトES細胞において、ASCL1SOX17遺伝子上の標的プロトスペーサごとに、C1とC2の選択、相補的配列のgRNAへの挿入サイトの選択 (ヘアピンか3'末端か), およびgRNAのバックボーンの選択 (Jonathan Wiesmman流 (JW)かFeng Zhang流か (FZ))の全ての組み合わせについて、gRNA捕捉効率と、CRISPRaによる遺伝子過剰発現性を評価し、総合評価でC1_HP_JWに続いてC1_3P_JWを上位とした (Table 1参照)。
 [本論文のツイートを以下に引用]