crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[出典] "C-SVR Crispr: Prediction of CRISPR/Cas12 guideRNA activity using deep learning models"
Sa'idAmeen Z, Ozsoz M, Mubarak AS, Turjman FA, Serte S. Alex Eng J 2021-02-27. https://doi.org/10.1016/j.aej.2021.02.007
 Near East University (Cyprus)の研究チームの成果。
  • Convolutional Neural Network (CNN)を、畳み込み層 (convolution layer)の深さと、フィルターのカーネル・サイズを調整することで、最適化した上で、伝統的な機械学習法である重回帰分析 (Multiple Linear Regression, MLR), CNN, およびCNNとSVRのハイブリッドモデルの3種類について、Cas12aのgRNAsの活性 (indel頻度)予測性能を比較した。
  • スピアマン相関解析から、ハイブリッドモデルが他の最先端モデル 2種類[1, 2]に対して51%または40%優ると判定した。
  • ハイブリッドモデルにより、SARS-CoV-2の検出に最適なgRNAを選択する基盤となる各gRNAsがSARS-CoV-2にindelsを誘導する頻度を予測した。
 [比較対象とした深層学習モデル]
このエントリーをはてなブックマークに追加

コメント

コメントフォーム
評価する
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • リセット
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • リセット