2021-12-25 Genome Biology 誌から発表された論文の書誌情報を追記
2021-03-04 bioRxiv に基づく初稿
[出典] "Chronos: a CRISPR cell population dynamics model" Dempster JM [..] McFarland JM. bioRixv 2021-02-25 [Preprint]. https://doi.org/10.1101/2021.02.25.432728; "Chronos: a cell population dynamics model of CRISPR experiments that improves inference of gene fitness effects" Dempster JM [..] McFarland JM. Genome Biol. 2021-12-20. https://doi.org/10.1186/s13059-021-02540-7; プログラム入手先 https://github.com/broadinstitute/chronos
Broad InstituteとDFCIの研究グループの成果。
2021-03-04 bioRxiv に基づく初稿
[出典] "Chronos: a CRISPR cell population dynamics model" Dempster JM [..] McFarland JM. bioRixv 2021-02-25 [Preprint]. https://doi.org/10.1101/2021.02.25.432728; "Chronos: a cell population dynamics model of CRISPR experiments that improves inference of gene fitness effects" Dempster JM [..] McFarland JM. Genome Biol. 2021-12-20. https://doi.org/10.1186/s13059-021-02540-7; プログラム入手先 https://github.com/broadinstitute/chronos
Broad InstituteとDFCIの研究グループの成果。
- CRISPR機能喪失スクリーンは癌生物学の強力なツールであるが、二本鎖DNA切断に伴う毒性, フェノタイプの不完全浸透, スクリーン品質のバイアスなどの課題を伴っている。
- 研究グループは今回この課題解決に向けて、CRISPR遺伝子ノックアウトを加えてからの細胞増殖の動態モデルに基づいて、遺伝子ノックアウトが細胞のフィットネスに及ぼす影響を推測するモデル"Chronos"を開発した。
- Chronosは、時系列データの利用が可能であり, これによって推測精度が向上することを明らかにした。
- Chronosはまた、バイアスをもたらす様々な要因を処理可能であり、プロジェクトアキレス (Achilles)やスコア (Score)といった大規模なデータセットの統合にあたって多数のスクリーンからの情報の効果的共有を支援する。
- Chronosは、CCR (CRISPRcleanR) [1], MAGeCK-MLE [2], およびCELES [3]に優る性能を示した。
[比較したモデルに関するcrisp_bio記事または論文]
- [CCR] CRISPRメモ_2018/07/03 [第6項] CRISPR-Cas9ゲノムワイドノックアウトスクリーニングにおける偽陽性を排除するCRISPRcleanR. https://crisp-bio.blog.jp/archives/10323695.html
- [MAGeCK-MLE] "Quality control, modeling, and visualization of CRISPR screens with MAGeCK-VISPR" Li W, Köster J [..] Brown M, Liu XS. Genome Biol 2015-12-16. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0843-6
- [CELES] 2017-11-30 [News and Views] CRISPR必須遺伝子スクリーニングにおける多コピー遺伝子の偽陽性を判別可能に. https://crisp-bio.blog.jp/archives/5409862.html
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