[出典] "PnB Designer: a web application to design prime and base editor guide RNAs for animals and plants" Siegner S [..] Corn JE. BMC Bioinformatics 2021-03-02. https://doi.org/10.1186/s12859-021-04034-6; Webサイト http://fgcz-shiny.uzh.ch/PnBDesigner/
 ETH Zurichの研究グループは今回、BEs (CBEsとABEs)用gRNAsPrime Editors (PEs)用pegRNAs双方の設計を可能とするPnB Designerを開発した。
 Prime Editors (PE2) [*]は、Cas9ニッカーゼと逆転写酵素改変型の融合をベースとし、20-ntのガイド配列, プライマー結合サイト (PBS), および逆転写酵素テンプレート (RTT)で構成されるpegRNA (prime editing extended guide RNA)を組み合わせる。さらに、RTTの組み込み効率を高めるためのニックを誘導するガイド配列、そして、前述のニックによるindels発生を抑制するためのニックを誘導するガイド配列を加えた、PE3とPE3bが工夫された。このように、PEを利用するには、複雑なpegRNAsに加えて2種類のgRNAsを設計する必要がある。
  • PnB Designe、BEs設計 (CBE, ABEmaxとABE8e)とPEs設計の双方に対応する初のWebアプリケーションである [Fig.1参照 https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04034-6/figures/1]。
  • PnB Designerには、ヒト (hg38), マウス (mm10), ゼブラフィッシュ (GRCz11), イネ (MSU7), シロイヌナズナ (TIAR9), ヨーロッパブドウ (IGGP12Xv2)のゲノム配列が組み込まれている。
  • PnB Designerを利用して、ClinVarに登録されているヒト病原性SNVsの全てのモデリングを可能とするpegRNAs候補をリストアップした。
  • PnB Designerはまた、一種類のCBEおよび異なるPAMを認識する7種類のABEの中から、ClinVar登録SNVを導入または修復するに最適なBEsを選別するためにも利用可能である。
  • [参考] Table 1 PnB Designerと他のgRNA設計ツールの性能比較表 https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04034-6/tables/1
 [*] PEおよびpegRNA設計ツール関連crisp_bio記事