[出典] "A comprehensive analysis and resource to use CRISPR-Cas13 for broad-spectrum targeting of RNA viruses" Lin X, Liu Y, Chemparathy A [..] Qi LS. Cell Rep Med. 2021-03-23 [Journal Pre-proof]. https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2021.100245
 Stanford UniversityのL S. Qiの研究グループは先行研究で、CRISPR-Cas13dをベースにして、SARS-CoV-2とA型インフルエンザウイルスに有効な抗ウイルス・システム PAC-MAN (Prophylactic Antiviral CRISPR in huMAN cells) [*]を開発していた。
[*] 新型コロナウイルスとインフルエンザA型ウイルスの感染・増殖をCRISPR-Cas13d (CasRx)で阻止する. https://crisp-bio.blog.jp/archives/22280350.html
 他の研究グループも、CRISPR-Cas13a/bをベースにして、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス (LCMV), 水疱性口炎ウイルス (VSV), HIV-1, ヒトRSウイルス (HRSV), デングウイルス, カブ/トマトモザイクウイルス (TuMV)を抑制可能なことを報告してきた [参考文献とcrisp_bio記事リスト参照]。
 CRISPR-Cas13システムは、crRNAの設計によって変異株に迅速に対処可能なことと、ウイルス株の間で高度に保存されているcrRNAを設計することで、変異を介したウイルスのエスケープを抑制可能とする特徴を帯びている。
 研究グループは今回、Virus Pathogen Database and Analysis Resource (ViPR) [Viruses, 2012 https://doi.org/10.3390/v4113209]に登録されている一連の注目すべき病原性ヒト感染RNAウイルスを標的とするPAC-MANのin silico解析を行った。
  • はじめに、RNAウイルスを標的とするcrRNAsの網羅性, 効率, および特性を査定するcrRNAs解析パイプラインを、既存のアルゴリズムを組み合わせて構築した。
  • このパイプラインにより、16種類のRNAウイルス・ファミリーをカバーするcrRNAsを同定した。
  • その上で、14種類のcrRNAの最小セットで、10種類のファミリーにわたるヒト感染ウイルスの90%以上を標的可能なことを同定した。
  • ゲノム解析された既知のヒト感染ウイルス株の90%以上について、標的可能なcrRNAが1種類または2種類存在した。
  • 広汎なRNAウイルスを標的とするCRISPR-13dシステムのcrRNAsの情報を検索可能なWebリソースも構築・公開した [下図左右を参照]: COMBAT crRNA Repository http://crispr-pacman.stanford.eduSARS-CoV-2 focus page http://crispr-pacman.stanford.edu/sarscov2
  [参考文献とcrisp_bio記事リスト参照]
  1. "Potent Programmable Antiviral Against Dengue Virus in Primary Human Cells by Cas13b Rnp with Short Spacer and Delivery by Virus-Like Particle" Singsuksawat E, Onnome S, Posiri P, et al. bioRxiv. 2020-05-17. https://doi.org/10.1101/2020.05.17.100388
  2. "CRISPR-Cas13a Cleavage of Dengue Virus NS3 Gene Efficiently Inhibits Viral Replication" Li H, Wang S, Dong X, et al. Mol Ther Nucleic Acids. 2020-02-05 https://doi.org/10.1016/j.omtn.2020.01.028
  3. "Programmable Inhibition and Detection of RNA Viruses Using Cas13" Freije CA, Myhrvold C, Boehm CK, et al. Mol Cell. 2019-10-10. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.09.013; Cas13a-crRNAに基づく超高感度核酸検出システムSHERLOCKに, 標的ssRNAウイルス分解機能を付加. https://crisp-bio.blog.jp/archives/20298168.html
  4. "CRISPR-Cas13a Inhibits HIV-1 Infection" Yin L, Zhao F, Sun H, et al. Mol Ther Nucleic Acids. 2020-06-01. https://doi.org/10.1016/j.omtn.2020.05.030
  5. "CRISPR-Cas13d mediates robust RNA virus interference in plants" Mahas A, Aman R, Mahfouz M. Genome Biol. 2019-12-02. https://doi.org/10.1186/s13059-019-1881-2
  6. "Engineering RNA Virus Interference via the CRISPR/Cas13 Machinery in Arabidopsis" Aman R, Mahas A, Butt H, et al. Viruses. 2018-12-19. https://doi.org/10.3390/v10120732
  7. "Synthetic mRNA expressed Cas13a mitigates RNA virus infections" Bawage SS, Tiwari PM, Santangelo PJ. bioRxiv. 2018-07-23. https://doi.org/10.1101/370460