2022-01-31 Nucleic Acids Research 誌から査読論文として刊行された："Comprehensive analysis of prime editing outcomes in human embryonic stem cells" Habib O, Habib G, Hwang G-H, Bae S. Nucleic Acids Res. 2022-01-15. https://doi.org/10.1093/nar/gkab1295
2021-04-20 記事タイトルを「ヒトES細胞におけるプライム・エディティング (PE)の包括的評価」を「プライム・エディティングは, ヒトES細胞の塩基編集にてBEを相補する」へと改訂．
2021-04-20 記事タイトルを「ヒトES細胞におけるプライム・エディティング (PE)の包括的評価」を「プライム・エディティングは, ヒトES細胞の塩基編集にてBEを相補する」へと改訂．
2021-04-19 初稿
[出典] "Comprehensive analysis of prime editing outcomes in human embryonic stem cells" Habib O, Habib G, Hwang G-H, Bae S. bioRxiv. 2021-04-13 [プレプリント]. https://doi.org/10.1101/2021.04.12.439533
[出典] "Comprehensive analysis of prime editing outcomes in human embryonic stem cells" Habib O, Habib G, Hwang G-H, Bae S. bioRxiv. 2021-04-13 [プレプリント]. https://doi.org/10.1101/2021.04.12.439533
漢陽大学校の研究グループのbioRxiv投稿：
ヒトES細胞 (H9細胞)のAAVS1にTALENを介してプライムエディング [右図参照]の中のPEG2をノックインすることで，ドキシサイクリンで誘導可能なPE2を発現するヒトES細胞株'H9-iPE2'を樹立した．- PE2に対して，pegRNAの標的ではないもう一方のDNA鎖にニッキングを入れることで編集効率を高めるPE3を実験では使用した．すなわち，'H9-iPE2'にpegRNA [右図参照]に加えてそのためのsgRNA [右図には含まれていない]もエレクトロポレーションした．
- ２種類の遺伝子座 (HEK3とRNF2)を標的とする66種類のpegRNAsについて，PBS配列の長さや標的配列のGC含量などの影響を評価するとともに，他の細胞株と同様に，トランスバージョンとトランジッション全ての塩基置換導入を実現可能なこと，また，標的部位における小規模な (1~3 bp)indels発生，および80bpsまでの削除と42 bpsまでの挿入を，実証した．
- 標的部位での望ましくないindels誘発は，PE3におけるpegRNAとsgRNAを介したダブルニッキングが主因ではなく，逆転転写酵素とpegRNAによって誘導されることを同定した．
- PE3とCBEおよびABEの塩基変換結果を，２種類の遺伝子座 (HEK3とFANCF)について比較した．CBE/ABEについては，H9細胞へのエレクトロポレーションによって実験した．編集効率はBEsがPE3を上回ったが，BEsにみられたバイスタンダー塩基変換はPE3には見られなかった (したがって，ウインドウ内に標的以外のバイスタンダー塩基が存在しない場合はBEsがお薦めとなる)．
- α1-アンチトリプシン欠乏症 (A1AT)の患者由来のiPS細胞において，病因変異 (PiZZ 1024 G>A)の修復をABEmaxとPE3で試みたところ，塩基変換効率はそれぞれ0.85%と0,83%と，ほぼ同等になった．
- WGS解析を介して，ドキシサイクリン誘導PE2を３週間発現させても，オフターゲット変異は発生しなかった．
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