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｜CRISPR

2021-10-06 Nucleic Acids Research 誌掲載論文の書誌情報を追記 (初稿の引用図はbioRxiv 投稿から引用したもので，おおむね変更はないように見えますが，NAR 論文の図へのリンクを本文中に追記しました)
2021-06-09 初稿
[出典] "CRISPR-Cas systems are widespread accessory elements across bacterial and archaeal plasmids" Pinilla-Redondo R, Russel J, Mayo-Muñoz D [..] Sørensen SJ. bioRxiv. 2021-06-04 [プレプリント]. Nucleic Acids Research 2021-10-04. https://doi.org/10.1093/nar/gkab859
　多くの原核生物ゲノムに、可動遺伝因子 (monile genentic elements: MGEs)に対する免疫防御を担うCRISPR-Casシステムをコードしているが、一方で、多くのMGEsにCRISPR-Cas遺伝子座がコードされている。MGEにコードされたCRISPR-Cas遺伝子座については，いくつかの例外を除いて，研究が進んでおらず、その分布、普及率、多様性、機能に関する包括的な分析が不足している。
　University of CopenhagenとUniversaitry of Otagoが加わった研究グループは今回，自然界のバクテリアとアーケアのプラスミドの最大のコレクション [*]を対象として、CRISPR-Cas遺伝子座を系統的に調査した [*] 冗長なプラスミドを除いて，バクテリアとアーケアのプラスミドそれぞれ17,608件と220件; 宿主染色体配列6,979件。
  • CRISPR-Cas遺伝子座はプラスミド全体に広く分布しているがその分布は不均一であり，宿主の染色体と比較すると1Mbpあたりの存在数が多く、その分布は顕著に異なっていた　[Figure 1引用左下図参照; NAR論文 Fig.1に相当 https://academic.oup.com/view-large/figure/304623851/gkab859fig1.jpg]。
Figure 1　　Figure 3
  • プラスミドのCRISPRアレイに含まれるスペーサーは、他のプラスミドを標的とする強いバイアスがかかっているのに対し、染色体のアレイにはウイルスを標的とするスペーサーが豊富に含まれていた．[Figure 3引用右上図参照; NAR論文 Figure. 3に相当 https://academic.oup.com/view-large/figure/304623872/gkab859fig3.jpg]
  • Figure 5この標的の傾向は、CRISPR-Casのサブタイプや宿主の多様性を超えて主流であり、プラスミドの遺伝的独立性を強調するとともに、プラスミド-プラスミド間の対立を仲介するCRISPR-Casシステムの機能を示唆している [Figure 5引用右図参照; NAR論文 Figure 5に相当 https://academic.oup.com/view-large/figure/304623881/gkab859fig5.jpg]。
  • CRISPR-Casは多くのプラスミドのアクセサリー・エレメントであり、これまで認識されていなかったが，微生物間でのCRISPR-Casの分散を促進してきた可能性がある．
 [筆頭著者のツイートを引用] [関連crisp_bio記事]
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