[出典] "Genome dependent Cas9/gRNA search time underlies sequence dependent gRNA activity" Moreb EA, Lynch MD (Duke University). Nat Commun. 2021-08-19. https://doi.org/10.1038/s41467-021-25339-3

　CRISPR-Cas9はgRNAにガイドされて，PAMを帯びた任意のDNA配列を切断する強力なDNA編集ツールであるが，その切断活性がgRNAに依存することが知られている．これまでに，大規模なgRNAライブラリをスクリーニングした結果をもとにしたデータセットをベースとしてgRNAの活性を予測するアルゴリズムが開発されてきたが，予測精度がトレーニング・データセット内では高いが，異なる実験からのデータセットや異なる種では低い傾向があった．

　著者らは，これまでに発表されたデータセットの中から，異なる種，複数のCas9改変体，内因性および外因性の標的部位，さまざまな活性出力，および異なる実験系を用いた44種類のデータセットを選択した上で，gRNAの活性に影響を及ぼす配列の特徴を再解析した．

　その結果，gRNAの活性は，標的部位における活性よりも，Cas9/gRNA複合体が標的部位を見つける速度に依存し，これが異なる種間でのgRNA活性の配列依存性の違いをもたらすとする結論を得た．

[crisp_bio 注] Fig. 1にCas9/gRNA複合体の活性に影響を与えるとされてきた一連の因子と，活性に最も重要とされてきたgRNAの配列の特徴がまとめられている [右図に画像の部分だけ引用] ．

　この結果は，これまでのアルゴリズムが，標的部位におけるDNAの巻き戻しや切断以外の要因，すなわち，Cas9/gRNA複合体が標的を探索・認識する速度に影響を及ぼす標的部位を除く領域の配列の特徴 (ゲノムのコンテクスト)を効果的に捉えていなかったことを意味する．