crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト： 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

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2022-05-05 Molecular Therapy Nucleic Acids 誌刊行論文の書誌情報を追記し，効率と標的特異性の向上の数値を改訂・修正した．
2021-09-08 初稿
[出典] "Highly specific chimeric DNA-RNA guided genome editing with enhanced CRISPR-Cas12a system" Kim H, Lee W [..] Jun B-H, Lee D-S, Lee SH. [bioRxiv. 2021-09-05] Mol Ther Nucleic Acids. 2022-03-28. https://doi.org/10.1016/j.omtn.2022.03.021
　KRIBBを主とする研究グループは，Massachusetts General HospitalのJ. Keith Joungのグループが開発した拡張版Cas12aであるenCas12a [*1]と，同グループが開発したcrRNAの一部をDNAに置換したキメラ型gRNAによる機能向上の技術 [*2]を組み合わせたシステムにより [論文Figure 1参照]，オフターゲット変異の誘発を劇的に低下させつつ，オンターゲット変異を効率的に誘発することに成功した．
  • enCas12aシステムに従来のcrRNAではなく最適化したキメラgRNAを組み合わせることで，標的配列への変異誘発効率が，野生型Cas12aシステムの平均で2.58倍 (1.7〜16.9倍)1.7〜17.16倍へと向上した．
  • また，キメラgRNAを利用することで，オフターゲット配列への変異誘発効率が平均で0.5〜10.6%から0.1〜3.6%へと低下し，標的に対する特異性が平均で2.77倍 7.6倍向上した．
　en-Cas12aシステムに今回開発したキメラ型DNA-RNAガイドを組み合わせることで，標的特異的かつ高効率な遺伝子編集を誘導することが可能である．

 [*] 引用crisp_bio記事と論文
  1. 2019-02-12 CRISPR-Cas12aの拡張，東西で続く．https://crisp-bio.blog.jp/archives/15642277.html; Engineered CRISPR-Cas12a variants with increased activities and improved targeting ranges for gene, epigenetic and base editing. Kleinstiver  BP, Sousa AA, Walton RT [..] Joung JK. Nat Biotechnol. 2019-02-11. https://doi.org/10.1038/s41587-018-0011-0
  2. [20200906更新] CRISPRメモ_2020/02/10 - 1 [第2項]  DNA-RNAキメラガイドによりCRISPR-Cas12aの標的特異性を亢進. https://crisp-bio.blog.jp/archives/21884420.html; Enhancement of target specificity of CRISPR-Cas12a by using a chimeric DNA-RNA guide. Kim H, Lee WJ [..] Lee DS, Kim SU. Lee SH. (bioRxiv 2020-02-04). Nucleic Acids Res. 2020-09-04. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa605 
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