2022-04-30 iScience 誌査読論文としての書誌情報を追記
2021-09-24 初稿
[出典] "Synthetic lethality-based prediction of anti-SARS-CoV-2 targets" Pal LR, Cheng K, Nair NU, Martin-Sancho L [..] Chanda SK, Ruppin E. (bioRxiv. 2021-09-15) iScience 2022-04-27/05-20. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104311
2021-09-24 初稿
[出典] "Synthetic lethality-based prediction of anti-SARS-CoV-2 targets" Pal LR, Cheng K, Nair NU, Martin-Sancho L [..] Chanda SK, Ruppin E. (bioRxiv. 2021-09-15) iScience 2022-04-27/05-20. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104311
NCI/NIH, Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Instituteなどの研究グループは，先行研究で，ヒト癌のゲノムとトランスクリプトームのデータから癌細胞を合成致死 (syntetic leathal, SL)に導く遺伝子パートナーの同定を実現したデータ解析パイプライン ISLE（identification of clinically relevant synthetic lethality) [*]を，SARS-CoV-2感染細胞に適用し，その結果得られたSLパートナーを，CRISPR-Casゲノムワイド遺伝子スクリーニングとsiRNAスクリーニングで検証した．
SARS-CoV-2感染ヒトサンプル (in vitro とin vivo )を対象とした公開宿主細胞遺伝子発現データセットから，ウイルス感染に応答した発現が有意に上昇した遺伝子群 [以下，DE (differentialy expressed) 遺伝子]を同定し，DE遺伝子をベースとしてISLEパイプラインを利用して，454種類のSLパートナー候補を発見した．SLパートナー候補のターゲット群は，4種類のSARS-CoV-2 CRISPR-Casゲノムワイド・スクリーニングにおいて，そのノックアウトによって生存率が有意に高くなる感染細胞に濃縮されていた．
こうして，ISLEによる予測とスクリーニング結果を統合して，26種類の遺伝子を選択した上で，ヒトCaco-2細胞 (ACE2 とTMPRSS2 を発現)においてsiRNAスクリーンを行なった．その結果，これらの遺伝子ノックダウンによって，重要なことに非感染細胞に影響することなく，感染細胞においてのみウイルスの複製を抑制し，感染細胞の生存率が低下することが，明らかになった．
[*] 参考文献
- ISLE開発: Lee JS, Das A, Jerby-Arnon L, et al. Harnessing synthetic lethality to predict the response to cancer treatment. Nat Commun. 2018-06-29. https://doi.org/10.1038/s41467-018-04647-1
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